一般我們拿到10x空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析的結(jié)果先看的肯定是web_summary網(wǎng)頁(yè)報(bào)告，因?yàn)閺倪@個(gè)結(jié)果里面我們大概就能判斷你的數(shù)據(jù)好不好，不好的問(wèn)題在哪里，數(shù)據(jù)到底能不能用等等。這里來(lái)詳細(xì)介紹一下怎么看10x 空間轉(zhuǎn)錄組web_summary網(wǎng)頁(yè)版報(bào)告。

轉(zhuǎn)錄組學(xué)是在整體水平上研究細(xì)胞中基因轉(zhuǎn)錄的情況及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律，從RNA水平研究基因表達(dá)的情況。借助轉(zhuǎn)錄組學(xué)來(lái)研究腫瘤的發(fā)病機(jī)制，尋找用于腫瘤診斷和防治的生物標(biāo)志物一直是腫瘤研究熱點(diǎn)，今天小編要和大家分享幾例轉(zhuǎn)錄組學(xué)在胃腸腫瘤中的應(yīng)用。

前面介紹 Space Ranger 的使用的時(shí)候有提到過(guò)，一種是自動(dòng)對(duì)齊（只需要提供圖片文件），另外一種是手動(dòng)對(duì)齊（除了需要提供圖片文件，還需要提供圖像組織位置跟 spot 對(duì)應(yīng)信息的 json 文件）。本文帶你一分鐘了解 10x空間轉(zhuǎn)錄組Visium 的 圖像手動(dòng)對(duì)齊 應(yīng)該怎樣做！

具有完善基因表達(dá)數(shù)據(jù)和表型數(shù)據(jù)的大規(guī)模公共隊(duì)列為開(kāi)發(fā)腫瘤預(yù)后標(biāo)志提供了可能。近年來(lái)，機(jī)器學(xué)習(xí)作為人工智能（AI）的分支，已經(jīng)被成功用于建立腫瘤患者預(yù)后和治療預(yù)測(cè)的模型。

10x Genomics在分析軟件這一塊還是非常給力的，開(kāi)發(fā)的每個(gè)軟件都非常好用而且操作簡(jiǎn)單，特別是安裝方便，基本解壓后就能用。對(duì)于10x的空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)主要用10x自己開(kāi)發(fā)的Space Ranger來(lái)進(jìn)行前期的處理。

乳腺癌是發(fā)生在乳腺上皮組織的惡性腫瘤，它是威脅全球女性健康的嚴(yán)重的常見(jiàn)的惡性腫瘤之一，近年來(lái)的發(fā)病率與死亡率也逐漸升高。因此，尋找和發(fā)現(xiàn)有價(jià)值的乳腺癌生物標(biāo)志物已經(jīng)成為目前研究的一個(gè)重要方向。小編這次為大家分享兩篇關(guān)于研究乳腺癌DNA甲基化標(biāo)志物的文章（IF > 10），利用多組學(xué)數(shù)據(jù)分別從兩個(gè)方向篩選甲基化標(biāo)志物的研究。

婦科腫瘤是一種多發(fā)病，由于其致病因素較復(fù)雜，癌變組織結(jié)構(gòu)多樣，受神經(jīng)內(nèi)分泌因素影響的不斷變化，所在部位又極易受細(xì)菌或病毒感染，很早就受到人們重視。婦科生殖器腫瘤又以卵巢癌，子宮頸癌，子宮內(nèi)膜癌較為常見(jiàn)，這三種腫瘤并稱為婦科生殖系統(tǒng)三大惡性腫瘤。據(jù)有關(guān)數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)，在我國(guó)每年約有1.5萬(wàn)名女性死于卵巢癌，發(fā)病率雖次于宮頸癌和子宮內(nèi)膜癌，但死亡率卻占婦科惡性腫瘤之首。

單細(xì)胞RNA測(cè)序（scRNA-seq）技術(shù)的飛速發(fā)展使人們對(duì)組織中細(xì)胞種類、細(xì)胞的特殊狀態(tài)有了深入認(rèn)識(shí)。但是，scRNA-seq對(duì)于器官或者固體組織制備的細(xì)胞懸液的細(xì)胞活性和細(xì)胞數(shù)目有著較高的要求，這也意味著 “躺在”超低溫冰箱中的大量珍貴臨床樣本（腦組織，腫瘤組織等）都無(wú)法進(jìn)行scRNA測(cè)序。而單細(xì)胞核RNA測(cè)序技術(shù)（snRNA-seq）的出現(xiàn)，則在很大程度上解決了以上問(wèn)題。

7月以DNA methylation為關(guān)鍵詞檢索到的文獻(xiàn)一共有723篇，小編在這里為大家精心挑選了以下7篇作為重點(diǎn)分享，包括胚胎發(fā)育、癌癥、疾病、甲基化標(biāo)志物以及多組學(xué)聯(lián)合分析的研究等。

7月單細(xì)胞測(cè)序高分文獻(xiàn)匯總，伯豪生物客戶發(fā)文單細(xì)胞高分文獻(xiàn)匯總。