
之前我們略述了代謝組學的課題設計,按照設計的思路進行實驗后,就需要進行代謝樣本的收集了。今天咱按照不同類型的樣本,給大家提供一點收集的建議。
在有限的細胞核空間中,基因組的大部分是緊密折疊的,僅留下需要轉錄的部分是開放的。打開的染色質,就允許一些調控蛋白(比如轉錄因子和輔因子)跑過來與之相結合。而染色質的這種特性,就叫做染色質的可及性(chromatin accessibility)。ATAC-seq是利用高通量測序檢測轉座酶易接近的染色質的技術。 ATAC-seq只需要很少的細胞就能鑒定基因組中所有活躍的調控序列。
DNA甲基化(DNA methylation)是目前研究得清楚、也是重要的表觀遺傳修飾形式,主要是基因組DNA上的胞嘧啶第5位碳原子和甲基間的共價結合,胞嘧啶由此被修飾為5甲基胞嘧啶(5-methylcytosine,5mC)。別看這只是一個小小的改變,它所起到的作用卻是巨大的!有些科學家甚至將DNA甲基化叫做“第五種堿基”!
伯豪生物目前已經先后建成DNA甲基化檢測芯片/二代測序平臺、RNA甲基化分析平臺,組蛋白修飾分析平臺、轉錄因子分析平臺和開放染色質分析服務平臺。2012年至今,伯豪生物表觀產品線已經累計為客戶完成約1000例以上科研服務項目,涉及組織、細胞、全血、FFPE等各類實驗樣本約2萬例以上,涵蓋腫瘤、胚胎發育、復雜疾病等各個領域,協助客戶在J Clin Oncol、Nat Commun、PNAS、Ann Rheum Dis等高水平期刊發表論文30余篇,累計影響因子150以上(累計到2020年3月)。下面讓我們一起來欣賞下部分高分文章吧。
ceRNA(競爭性內源RNA)是近幾年的研究熱點,已知microRNA可以通過結合mRNA導致基因沉默,而ceRNA可以通過競爭性地結合microRNA來調節基因表達。ceRNA(常見的為lncRNA和circRNA)可以通過應答元件(microRNA response elements, MREs)與microRNA結合從而影響microRNA導致的基因沉默。
截止2020年3月份伯豪生物協助客戶發表高質量文章總量1706篇(破1700了),平均2.3天發一篇文章。3月共有21項文章成果,與各位老師好文共賞!
在醫學研究中,我們近年更關注的是RNA-seq,各種RNA-seq:測整體的bulk RNA-seq,測單細胞的RNA-seq,還有近期興起的空間轉錄組(Spacial gene expression)……國自然中,非編碼RNA的研究也受到了很大的關注。這些似乎都在告訴我們:得了RNA,就得天下!
Cancer Cell | 首個肝細胞癌中 TLS 的全景發育圖譜!Stereo-seq 助力肝癌研究再獲新突破
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華大 DNBelab C 系列 | 單核 RNA 測序聯合空間轉錄組學揭示脂多糖致膿毒癥腦病小鼠模型膠質細胞和血管細胞特殊亞群
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