Visium HD 開啟了空間探索的新時代，它通過單細胞水平的分辨率增強了成熟的全轉錄組空間分析，實現了連續的組織覆蓋，并通過基于探針的創新化學方法和基于 Visium CytAssist 的工作流程帶來了一流的數據。
無偏好性的單細胞分辨率
此次發布的 VisiumHD 芯片摒棄了以大直徑 55um 的 spot 設計，而是采用 2 *2um 的正方形當做基礎分析單位，芯片中間沒有空隙。真正的能夠做到無間隙，無偏好性的單細胞分辨率水平的空間轉錄組。目前 HD 芯片發布捕獲框大小是 6.5*6.5mm 的規格，可檢測物種是人和小鼠，兼容石蠟樣本。
▲Visium HD 空間基因表達玻片包含兩個 6.5 x 6.5 mm 的捕獲區
▲Visium HD 空間基因表達玻片的捕獲區含有約 1100 萬個 2 x 2 μm 連續區塊，實現單細胞水平的空間分辨率。
Visium  | Visium HD  |
搭載 Visium CytAssist 獲得最好的數據
Visium HD 將強大的全轉錄組空間基因表達與單細胞尺度分辨率結合起來，來發現每一微米組織中獨特的生物學特性。同時啟用 CytAssist 儀器，讓樣本在簡單的運行工作流中獲得最好的數據。
▲全轉錄組、單細胞分辨率、連續覆蓋
▲通過 Visium CytAssist 實現精準的轉錄本定位
▲通過高分辨率的空間轉錄組學來增強 H & E 或 IF 成像后的樣本。
▲從 FFPE 組織塊或載玻片上的組織切片中獲得強大的數據
▲兼容 H & E 染色以及 IF 染色 Visium HD 空間基因表達兼容 H &E 染色以及 IF 染色。
（可在同一組織切片上進行高分辨率空間轉錄組學數據分析）
Visium HD 芯片與基礎芯片技術比較
| 芯片型號 | Visium | Visium CytAssist | Visium HD |
| 分辨率 | 直徑 55um | 直徑 55um | 2*2um, 全組織覆蓋 |
| 檢測范圍 | mRNA | mRNA | mRNA |
| 物種 | 全物種 | 人 / 小鼠 | 人 / 小鼠 |
| 組織兼容性 | FF | FF/FFPE | FFPE(后面應該會加入 FF) |
| 捕獲原理 | polyA 尾捕獲 | 探針法捕獲 | 探針法捕獲 |
| 芯片大小 | 6.5 mm× 6.5 mm | 6.5 mm × 6.5 mm 11 mm × 11 mm | 6.5 mm× 6.5 mm |
每微米都蘊藏著無限的探索潛力
這份 FFPE 人類乳腺導管原位癌樣本的 Visium HD 分析構建了 一張無偏的全轉錄組圖譜，并鑒定出腫瘤微環境中的主要 細胞類型和狀態。
H&E 染色結果  | Visium HD 基因表達數據  |
▲自信地繪制血管等小型生物結構中細胞類型的空間排布。
| 帶有癌癥區域（黃色）和免疫富集區域 （青色）的病理學注釋的 H & E 染色結果  | Visium HD 基因表達數據  |
▲定位組織駐留細胞群，包括免疫細胞或癌細胞，以發現它們的相互作用以及對疾病或治療應答的貢獻。
直觀的數據探索加速科學發現
Visium HD 數據是以 2 μm 以及多種拼接尺寸輸出的。上圖中的數據是在 8 μm 下可視化的。
- 利用 Space Ranger 的一組分析流程來處理 Visium HD 空間 基因表達數據以及明場和熒光顯微鏡圖像。
- 利用 Loupe Browser 對數據進行可視化和探索。
- 利用不斷擴大的第三方開發的 R 和 Python 工具生態系統繼續對 Visium HD 數據進行分析。
數據分析：Space Ranger & Loupe Browser
Visium HD 具備一體化的數據分析模式，使用 Space Ranger，可自動將空間基因表達信息疊加在組織圖像上，將原始 fastQ 數據經過質控，比對，定量等步驟后轉為 gene 表達矩陣，供分析人員進行二級分析。還可以使用 Loupe Browser 進一步可視化和探索 Visium HD 的數據，同時兼容 R 和 Python 開發的生態系統繼續分析 Visium HD 數據。
