FFPE 處理是目前長期保存病理樣本的標準化方法,保存了大量的臨床上患病和正常組織的樣本資源,該樣本代表了珍貴且來源廣泛的生物醫學研究材料,據統計世界上大約有數十億份組織樣品保存在醫院或者組織樣品庫中,其中大多數是 FFPE 樣品。但是由于 FFPE 樣本通常珍貴且保存時間長,存在 RNA/DNA 量少和高度降解的問題,因此如何獲得 FFPE 樣本所蘊藏的生物信息,如何利用分子生物學方法對 FFPE 樣本進行檢測,進而針對 FFPE 樣本進行高通量組學分析就變得越來越重要。針對目前熱度很高的空間轉錄組學,如何實現對 FFPE 樣本的檢測顯得尤為迫切。
10X Genomics 旗下全新的 Visium FFPE 空間基因表達解決方案,打破過去從 FFPE 組織中獲取空間全轉錄組基因表達信息的壁壘 空間轉錄組:Visium Spatial Gene Expression 技術不在局限于冰凍組織切片,10XGenomics 通過不懈的研發整合,已推出 Visium FFPE 空間基因表達解決方案,伯豪生物成為中國首批引進該技術方案的高新技術企業之一。通過優化后空間 Visium FFPE 全轉錄組方案,能夠從 FFPE 樣本中以高靈敏度和高特異性分析相關基因的表達,在形態學背景下實現真正的探索發現。
Visium FFPE 的原理示意
Visium FFPE 的產品特色
(1)使用已存檔的生物庫樣本進行生物標記物挖掘;
(2)進行回顧性研究和縱向研究,以追蹤特定時間內的生物學過程;
(3)通過結合免疫熒光技術,同時進行蛋白和基因表達可視化檢測;
(4)與 H & E 技術結合進行形態學分析,充分挖掘珍貴的組織樣本中的信息;
關于 Visium FFPE
Visium FFPE 組織樣本的可視化空間基因表達是一種突破性的解決方案,它將 FFPE 組織樣本的組織學優勢與高通量的 sc-RNA-seq 相結合,為傳統的病理學分析提供了詳實的補充。該技術可對人類和小鼠 FFPE 樣本中超過 18,000 個基因的 RNA 表達進行高分辨率的空間分析。通過全轉錄組分析(WTA)和 FFPE 組織圖譜分析,您可以檢測任何通路中的任何基因,解決組織細胞類群組成的異質性,并獲得這些信息在組織樣本中的空間信息。
Visium FFPE 的可視化空間基因表達在完整的 FFPE 組織切片上獲取基因表達信息,可以更深入的了解組織的生理生化特征:包括生物標志物的發現,對保存的樣本進行回顧性和縱向研究,以及對正常和病變組織的比較研究。
FFPE 組織的可視化空間基因表達具有高敏感性、特異性和可重復性
Visium FFPE 對保存的 FFPE 組織樣本進行了全組織覆蓋的轉錄組分析
應用示例:Visium FFPE 空間技術 呈現 三陽性導管癌原位樣本的腫瘤微環境
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