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伯豪生物
單細胞測序加速藥物研發(fā) | 協(xié)同治療
發(fā)布時間:2021-04-27 瀏覽次數(shù):5080
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在臨床前或臨床試驗中,單細胞表達譜的分子分辨率可用于描述聯(lián)合免疫治療中潛在的協(xié)同、加性、中性或拮抗的細胞和分子活性。三陰性乳腺癌(TNBC)是一種常對化療產(chǎn)生耐藥性的惡性乳腺癌,這種耐藥性是由于化療對預(yù)先存在的克隆的選擇還是化療期間獲得了新的基因突變導(dǎo)致是一個長久未解決的問題。為了探究這個問題,科學(xué)家們利用單細胞 RNA-seq、單細胞 DNA-seq 和全外顯子測序研究了 20 名 TNBC 患者在接受新輔助化療(NAC)期間的基因及表達變化,相關(guān)研究成果 2018 年發(fā)表在《Cell》上 [1]

深度外顯子測序發(fā)現(xiàn) 10 位患者 NAC 導(dǎo)致 clone 消失,而 10 位患者治療后 clone 一直存在,利用單細胞基因組測序探究拷貝數(shù)變異,鑒定耐藥基因。對不同治療時期的腫瘤細胞進行差異表達基因分析發(fā)現(xiàn),所有消退型患者在治療后 12 個已知的癌癥基因均下調(diào),部分信號通路也下調(diào)。結(jié)合分析腫瘤細胞和正常細胞,發(fā)現(xiàn)治療后正常細胞亞群中 ACTA2 表達水平高,治療前腫瘤細胞亞群中 EPCAM 表達水平高。探究持續(xù)型患者的表型進化,對每個患者進行差異表達分析,僅有少量顯著基因(MYC,ERBB3,KIT,PI3KR1)已知與腫瘤相關(guān),但耐藥基因在治療后出現(xiàn)了高度富集。

11

圖 工作流程圖 [1]


2

圖   CD8  T 細胞細分及功能富集 [1]

參考文獻:

[1]. Kim C, Gao R, Sei E, et al. Chemoresistance Evolution in Triple-Negative Breast Cancer Delineated by Single-Cell Sequencing[J]. Cell, 2018, 173(4):879-893.


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