伯豪生物協助客戶共發表了多項研究成果，其中涉及表達譜芯片，RNA-seq，甲基化芯片等伯豪服務，研究方向涉及微生物代謝，水稻抗性，干細胞多能性等。這些研究成果登陸的雜志包括 PNAS, Diabetes，Theranostics 等，平均影響子 4.7 分。

01. 表達譜芯片產品線

R2R3 MYB 轉錄因子通過調控水稻苯丙氨酸解氨酶途徑，產生褐飛虱抗性

An R2R3 MYB transcription factor confers brown planthopper resistance by regulating the phenylalanine ammonia-lyase pathway in rice

發表期刊  

PNAS

影響因子

IF=9.58  

中科院雜志分區：1 區

通訊作者所在單位

南京農業大學和中國農科院

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Agilent 水稻表達譜芯片

摘要 :

褐飛虱（BPH）是影響水稻生產具破壞性的昆蟲之一。苯丙氨酸 ammonialyase (PAL) 是植物防御病原體的關鍵酶。但是，PAL 在昆蟲抗性中的作用仍然知之甚少。本研究發現，水稻中大部分 PAL 的表達是被褐飛虱的啃食誘導。在感病水稻品種中過表達 OsPAL8，BPH 抗性顯著增強。OsPAL8 通過調節水稻水楊酸和木質素的生物合成和積累，介導水稻對 BPH 的抗性。此外，作者還發現水稻為應對 BPH 的攻擊，OsMYB30（R2R3 MYB 轉錄因子）上調 OsPAL6 和 OsPAL8 的表達。綜上，南京農業大學萬建民教授的研究結果證明了苯丙氨酸途徑在 BPH 抗性中起重要作用，為遺傳改良水稻抗 BPH 的研究提供有價值的目標。

CircTIMELESS 通過 miR-136-5p/ROCK1 軸調控肺鱗狀細胞癌細胞的增殖和侵襲

CircTIMELESS regulates the proliferation and invasion of lung squamous cell carcinoma cells via the miR‐136‐5p/ROCK1 axis

發表期刊

Journal of Cellular Physiology

影響因子

IF=4.52 

中科院雜志分區：2 區

通訊作者所在單位

河南中醫藥大學  

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ceRNA 芯片

摘要 :

大量研究表明，環狀 RNA(CircRNAs) 是腫瘤發生和發展的重要調節因子。然而，對于 CircRNAs 參與肺鱗狀細胞癌（LUSC) 的研究還很有限。本研究中，CircTIMELESS(在人類 CircRNA 數據庫中也稱為 hSA_CIRC_0000408) 在喉癌組織和喉癌細胞中均上調，并且 CircTIMELESS 的表達與腫瘤分期呈正相關。此外，CircTIMELESS 沉默明顯抑制了體外侵襲，干擾了體外和體內的增殖。進一步的研究表明，CircTIMELESS 作為 miR-136-5p 的“海綿”，調節 miR-136-5p 的表達。此外，miR-136-5p 上調與 CircTIMELESS 沉默對 LUSC 細胞增殖和侵襲的抑制作用一致的。進一步的結果表明，含有卷曲螺旋的 Rho 相關蛋白激酶 1 的（ROCK1) 是 miR-136-5p 的靶點。恢復性實驗結果表明，ROCK1 的過表達部分挽救了 CircTIMELESS 沉默和 miR-136-5p 上調對細胞增殖和侵襲的影響。因此，該研究結果證實了 CircTIMELESS 存在于 LUSC 中，并通過 miR-136-5p/ROCK1 軸發揮促癌作用。基于這些發現，CircTIMELESS 可能被潛在地用作 LUSC 的治療靶點。

DDH 模型大鼠髖關節軟骨中表達上調的基因 WISP- 2 通過 PPARγ 在體外誘導軟骨細胞凋亡

WISP-2, an upregulated gene in hip cartilage from the DDH model rats, induces chondrocyte apoptosis through PPARγ in vitro

發表期刊

FASEB Journal

影響因子

IF=5.39  

中科院雜志分區：2 區

通訊作者所在單位

中國醫科大學附屬盛京醫院

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Agilent Rat 4x44k 芯片

摘要：

軟骨細胞凋亡在發育性髖關節發育不良（DDH) 中起重要作用。已發現 WNT1 誘導信號通路蛋白 2(WISP-2) 和過氧化物酶體增殖物激活受體 γ(PPARγ) 參與細胞凋亡。本研究采用直腿包裹 DDH 大鼠模型，發現 DDH 大鼠體內軟骨降解和軟骨細胞凋亡明顯增加。此外，作者還發現 WISP- 2 在 DDH 大鼠髖臼軟骨中表達上調。其次，研究 WISP- 2 對體外培養的軟骨細胞凋亡的影響及其可能的機制。通過慢病毒介導，研究了 WISP- 2 和過氧化物酶體增殖物激活受體 γ(PPARγ) 功能缺失 / 獲得對原代大鼠軟骨細胞活力和凋亡的影響。結果表明，WISP- 2 過表達誘導軟骨細胞凋亡，WISP- 2 基因敲除可抑制晚期糖基化終產物（AGE) 誘導的軟骨細胞凋亡。此外，WISP- 2 對軟骨細胞 PPARγ 的表達具有負調節作用，PPARγ 的下調促進了軟骨細胞的凋亡，PPARγ 的過表達減弱了 WISP- 2 誘導的軟骨細胞凋亡的增加和細胞存活率的下降。本研究表明，WISP- 2 可能通過調節 PPARγ 的表達和活化而促進髖臼軟骨細胞凋亡，這可能在髖臼軟骨脫位的發生發展中起重要作用。

梅毒螺旋體刺激的巨噬細胞外泌體 miR-146a-5p 通過靶向 JAM- C 降低內皮細胞通透性和單核細胞跨內皮遷移

Exosomal miR-146a-5p from Treponema pallidum-stimulated macrophages reduces endothelial cells permeability and monocyte transendothelial migration by targeting JAM-C

發表期刊：

Experimental Cell Research

影響因子

IF=3.33  

中科院雜志分區：3 區

通訊作者及所在單位

無錫市第二人民醫院皮膚性病科

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Agilent Human miRNA 8 × 60K

摘要：

外泌體是一種可由各類細胞分泌的納米級（直徑 30~150nm）囊泡，其表面和內部有多種蛋白、mRNA、miRNA 以及長鏈非編碼 RNA（LncRNA）等活性物質。細胞間的外泌體微小 RNA（miRNA）與微生物感染引起的宿主免疫反應調節有關。研究人員從梅毒螺旋體（T. pallidum）刺激的巨噬細胞中分離出外泌體，并使用表達譜芯片和 RT-qPCR 兩種方法檢測了不同的外泌體 miRNA 表達；總共鑒定出 65 個差異表達 miRNAs（35 個上調和 30 個下調）；在所有鑒定出的 T. pallidum 刺激的外泌體 miRNAs 中，miR-146a-5p 是變化顯著的 miRNA。此外，研究人員分別從 20 例早期梅毒患者和 20 例健康對照組中分離血漿外泌體，結果發現未經治療的早期梅毒患者的 miR-146a-5p 上調。還發現外泌體 miR-146a-5p 可以被有效地轉運到內皮細胞中，通過靶向結合黏附分子 C（JAM-C）減少單核細胞跨內皮遷移和內皮通透性。螢光素酶報告基因測定證實了外泌體 miR-146a-5p 與 JAM-C3'非翻譯區（3'UTR）的結合，隨后又證明了 T. pallidum 刺激的巨噬細胞高表達的 miR-146a-5p 可以傳遞到內皮細胞，并通過靶向 JAM- C 減少單核細胞的跨內皮遷移，該項研究工作為 T. pallidum 阻斷白細胞跨內皮遷移和內皮通透性而阻礙宿主的炎癥反應提供了新見解。

肝 ChREBP 通過調節 L 型丙酮酸激酶來預防果糖誘導的糖原性肝毒性

Liver ChREBP Protects Against Fructose-induced Glycogenic Hepatotoxicity by Regulating L-type Pyruvate Kinase

發表期刊：

Diabetes

影響因子：

IF=7.20

中科院雜志分：1 區

通訊作者及所在單位：

第二軍醫大學

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Affymetrix GeneChip?

Mouse Genome 430 2.0

摘要：

果糖攝入過多與代謝性疾病的發病機理密切相關，碳水化合物反應元件結合蛋白（ChREBP）是小鼠果糖耐受所必需的轉錄因子。但肝 ChREBP 在果糖代謝中的功能意義尚不清楚。本項研究表明肝臟 ChREBP 通過調節肝臟糖原代謝和 ATP 穩態來保護小鼠免受果糖誘導的肝毒性。ChREBP 的肝臟特異性消融并未損害果糖耐受性，而是在喂食高果糖飲食的小鼠中引起嚴重的轉氨性炎、肝腫大或糖原超標，而未發現明顯的肝臟炎癥、細胞死亡或纖維化。此外，在進食狀態下，ChREBP 缺乏會顯著降低肝臟 ATP 含量，果糖喂養使這種現象更加明顯。從機制上講，不存在肝 ChREBP 的情況下，肝臟 G -6- P 含量顯著增加，而空腹誘導的糖原分解則不受損害。另外糖酵解中 ChREBP 的靶基因 LPK 在肝中過表達可以有效避免糖原過多和 ATP 的減少，并減輕 ChREBP 缺陷小鼠果糖導致的肝毒性。綜上，研究人員確立了肝臟 ChREBP 在應對肝果糖應激和通過調節 LPK 免受肝毒性中的關鍵作用。

長鏈非編碼 RNA H19 調控 miR-148b-3p/DDAH1 軸賦予肺腺癌易瑞沙抗藥性

Long non-coding RNA H19 confers resistance to gefitinib via miR-148b-3p/DDAH1 axis in lung adenocarcinoma

發表期刊

Anticancer Drugs

影響因子

IF=1.80

中科院雜志分：4 區

通訊作者所在單位

北京腫瘤醫院暨北京市

腫瘤防治研究所胸外科

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SBCHuman (4*180K) 

lncRNA microarray (V6.0)

摘要：

表皮生長因子受體酪氨酸激酶抑制劑治療，如吉非替尼，對表皮生長因子受體敏感突變的肺腺癌有效果。然而，耐藥仍然是不可避免的，其機制仍然理解甚少。為了探討酪氨酸激酶抑制劑耐藥的機制，我們使用長鏈非編碼 RNA（long non-coding RNA，lncRNA）芯片分析，發現 lncRNA H19 在吉非替尼耐藥細胞系中高度表達。此外，lncRNA H19 基因敲除可降低細胞增殖、吉非替尼半數大抑制濃度（IC50）、遷移和侵襲。在機制上，作者證明 lncRNA H19 通過吸附 miR-148b-3p，正向調節了二甲基精氨酸二甲氨基水解酶 - 1 的表達。而且 miR-148b-3p 的過表達或失活可分別增強或逆轉 lncRNA H19 對肺腺癌細胞的抑制作用。在肺腺癌患者中，lncRNA H19 或二甲基精氨酸二甲氨基水解酶 - 1 的高表達與較低的總生存率相關，而 miR-148b 的高表達與較高的總生存率相關。總的來說，數據結果顯示，在肺腺癌中，lncRNA H19 通過 miR-148b/ 二甲基精氨酸二甲氨基水解酶 - 1 軸，賦予吉非替尼耐藥性，這為表皮生長因子受體酪氨酸激酶抑制劑的抗藥性提供了新的見解。

羥基紅花黃色素 A 通過降低 WSB1 的表達使卵巢癌細胞對化療藥物敏感

Hydroxysafflor yellow A sensitizes ovarian cancer cells to chemotherapeutic agent by decreasing WSB1 expression

發表期刊：

European Journal of 

Integrative Medicine

影響因子

IF=0.95

中科院雜志分：4 區

通訊作者所在單位

北京中醫藥大學中醫藥研究所

浙江清華長三角研究院

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Affymetrix microarray

摘要：

紅花是一種中藥，其有效成分是羥基紅花黃色素 A（HSYA）。HSYA 已被證明具有抑制腫瘤生長的潛力。然而，HSYA 發揮抗腫瘤作用的分子機制仍不清楚。本研究探討 HSYA 在卵巢癌細胞 Skov3 中的抗腫瘤作用機制。采用細胞增殖檢測試劑盒進行細胞增殖檢測。采用細胞滴度藍細胞活力試劑盒（CellTiter-Blue Cell Viability kit）進行細胞活力測定。采用微陣列鑒定 HSYA 處理卵巢癌細胞對其全基因表達的影響。采用小干擾 RNA（SiRNA）轉染技術，對 WD 重復序列和 SOCS 盒包含蛋白（WSB1）進行敲除。采用 qRT-PCR 檢測 WSB1 的表達。采用 Western Blot 檢測細胞外信號相關激酶（Erk）1/ 2 和磷酸化 -Erk1/ 2 的蛋白表達。

結果：HSYA 呈劑量依賴性抑制 Skov3 細胞增殖（P<0.05）。用 HSYA 和阿霉素培養細胞時，細胞活力進一步降低（P<0.05）。HSYA 可降低 WSB1 的表達。通過敲除 WSB1，阿霉素對卵巢癌細胞增殖有抑制作用（P<0.05），Erk1/ 2 表達和 Erk 磷酸化水平進一步降低（P<0.05）。

結論：HSYA 可通過降低 WSB1 的表達，抑制卵巢癌細胞株 Skov3 的增殖，使 Skov3 細胞對化療藥物敏感。

02.RNA 測序產品線

三種轉錄調控因子正向調控廈門鏈霉菌 318 多環四聚物的生物合成

Three transcriptional regulators positively regulate the biosynthesis of polycyclic tetramate macrolactams in Streptomyces xiamenensis 318

發表期刊   

Appl Microbiol Biotechnol.

影響因子

IF=3.67    

中科院雜志分區：2 區

通訊作者所在單位

上海交通大學微生物代謝

國家重點實驗室

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RNA-seq

摘要：

多環四聚物（PTMs）是一類廣泛分布的結構復雜的天然產物，它們大多表現出多種生物活性。然而，PTM 產生的轉錄調節元件（TRs）很少被報道。上海交大的研究工作者確定了三個 TRs，即 Sxim_22880, CvnABCSx, 和 WblASx, 并揭示了它們在調節紅樹林鏈霉菌屬 xiamenensis 318 PTM 生物合成中的正調控作用。該菌株在 30℃時產生相當數量的 PTMs，但 PTMs 的生產在 37°C 時幾乎處于停滯狀態。研究者確定了幾個假定的 TRs 的轉錄調控元件 WblASx、Sxim_22880 和 CvnCSx，在這種熱沖擊條件下，均顯著下調。此外，在 Streptomyces sp. FR-008 和 S. albus J1074 中過表達這三個 TRs 均有新次生代謝物的產生，提示這些保守的 TRs 可能被用來激活潛孢子鏈霉菌次生代謝物基因簇。

質體核糖體蛋白 LPE2 參與擬南芥光合作用和 C / N 平衡反應

Plastid ribosomal protein LPE2 is involved in photosynthesis and the response to C/N balance in Arabidopsis thaliana

發表期刊   

J Integr Plant Biol.

影響因子

IF=3.824  

中科院雜志分區：1 區

通訊作者所在單位

廣州中醫藥大學

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RNA-seq

摘要：

細胞碳（C）和氮（N）之間的平衡必須緊密協調，以維持植物好的生長發育。在葉綠體中，光合作用將無機 C 轉換為有機 C，這對于維持植物細胞中 C 的含量很重要。但是，人們對葉綠體在 C / N 平衡中的作用知之甚少。本文中研究者確定了擬南芥中光合作用和 C / N 平衡所需的核編碼蛋白低光合效率（LPE2）。LPE2 特定的位于葉綠體中。失去功能的突變體 lpe2- 1 和 lpe2- 2 均顯示出較低的光合作用活性，其特征是與野生型相比，電子傳輸速度較慢，PSII 量子產率較低。此外，LPE2 的缺乏在生理水平上抑制了 C / N 平衡的響應。綜上所述，研究者的發現表明 LPE2 在光合作用和 C / N 平衡響應中起著雙重作用。

RNA 測序揭示 lncRNAs 在棕櫚酸誘導骨骼肌細胞胰島素抵抗中的潛在作用

RNA-sequencing analysis reveals the potential contribution of lncRNAs in palmitic acid-induced insulin resistance of skeletal muscle cells

發表期刊   

Bioscience Reports

影響因子

IF=2.54 

中科院雜志分區：4 區

通訊作者所在單位

南京醫科大學附屬

南京婦幼保健院

南通大學附屬婦幼保健院

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RNA-Seq

摘要：

胰島素抵抗（IR）是大多數代謝性疾病的共同病理基礎和發展動力。長鏈非編碼 RNA（lncRNAs）已成為調節糖、脂代謝的關鍵調控因子。然而，對胰島素抵抗狀態下骨骼肌細胞中 lncRNAs 的綜合分布及其可能的生物學效應還沒有充分的研究。本研究以 C2C12 肌管為細胞模型，采用深度 RNA 測序技術，對棕櫚酸誘導的 IR-C2C12 肌管與對照肌管間的 lncRNAs 和 mRNAs 進行了分析。結果表明，在棕櫚酸誘導的胰島素抵抗細胞中，共有 144 個 lncRNAs 表達顯著差異，其中 70 個上調，74 個下調（|fold change|>2，q<0.05）。此外，基于 GO 和 KEGG 數據庫的功能注釋分析表明，差異表達的 lncRNAs 的靶基因在脂肪酸氧化、脂質氧化、PPAR 信號通路和胰島素信號通路中明顯富集。此外，通過 qPCR，大多數在肌管和 db/db 小鼠骨骼肌中篩選的 lncRNAs 顯示出與 RNA 測序一致的表達趨勢。共表達分析也闡明了關鍵的 lncRNA-mRNA 相互作用，并指出了候選 lncRNA ENSMUST 00000160839 的潛在調控網絡。總之，本研究擴展了骨骼肌 lncRNA 數據庫，為今后胰島素抵抗的遺傳和分子研究提供了新的潛在調控因子，有助于相關代謝性疾病的防治。

全基因組相互作用靶譜揭示了一種控制干細胞多能性的 Peblr20-eRNA 激活途徑

Genome-wide interaction target profiling reveals a novel Peblr20-eRNA activation pathway to control stem cell pluripotency

發表期刊

Theranostics

影響因子 雜志中科院分區

IF=8.06  

中科院雜志分區：1 區

通訊作者所在單位

吉林大學第一醫院

斯坦福大學醫學院

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全轉錄組測序

摘要：

長鏈非編碼 RNA (Long non-coding RNAs, lncRNA) 是控制干細胞多能性的調控機制的重要組成部分。然而，這些 lncRNA 控制多能性的具體機制尚未完全闡明。本研究作者采用 RNA 逆轉錄相關 trap 測序（RAT-seq) 方法，對 RNA-seq 篩選到的 lncRNA 的小鼠全基因組相互作用靶點進行了分析。結果發現 Peblr20 (Pou5F1 增強子結合 lncRNA 20) 是一種與干細胞重編程相關的新型 lncRNA。與誘導多能干細胞（iPSCs) 相比，成纖維細胞中 Peblr20 的轉錄有差異。值得注意的是，作者發現 Peblr20 利用一個反式機制與多個莖干基因的調控元件相互作用。通過敲降和過表達實驗，發現，當過表達 Peblr20 時，可激活內源性 Pou5F1 表達。進一步證明，Peblr20 促進了多能重編程。機制上，作者證明了 Peblr20 通過與 Pou5F1 增強子結合，招募 TET2 去甲基化酶并激活增強子轉錄的 RNA 來激活內源性 Pou5F1。該數據揭示了一種新的表觀遺傳機制，即 lncRNA 通過反式調節 Pou5F1 增強子 RNA 通路來控制干細胞的命運。同時也證明了利用 lncRNA 生物學增強再生醫學干細胞生成的潛力。

廣泛的染色體重排和新的效應超家族的快速進化有助于基礎子囊菌真菌的宿主適應和物種形成

Extensive chromosomal rearrangements and rapid evolution of novel effector superfamilies contribute to host adaptation and speciation in the basal ascomycetous fungi

發表期刊

MOLECULAR 

PLANT PATHOLOGY

影響因子

IF=4.38  

中科院雜志分區：1 區

通訊作者所在單位

西北農林科技大學

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RNA-seq

基因組 de novo 測序

摘要：

外囊菌屬的基礎子囊菌具有嚴格的寄主特異性和與寄主植物的共進化性，是研究生態分化和寄主適應性基因組基礎的理想模式。因此，作者對不同寄主范圍的外囊菌屬進行了基因組測序和比較基因組學研究，以揭示其進化過程。作者在外囊菌屬基因組中發現了頻繁的染色體重排和高度動態譜系特異性（LS) 基因組區域。LS 區域出現在染色體斷點的側翼區域，并為 DNA 重復、非核心基因和植物上調節基因提供了大量的富集。此外，作者還確定了數百個候選的分泌效應蛋白（CSEPs)，它們通常組織在基因簇中，形成獨特的 AT - rich isochore 區。近一半的 CSEPs 構成了兩個新的超家族，具有獨特的外囊菌屬模塊化結構。這些 CSEPs 通常在感染過程中被上調，富集于 LS 區域，進化更快，并在不同物種中經歷了廣泛的基因得失。除了顯示積極選擇的特征外，所選 CSEPs 基因的功能特性也證實了它們在抑制植物防御反應中的作用。總之，結果表明，廣泛的染色體重排和快速進化的 CSEPs 超家族在早期分枝子囊真菌的物種形成和宿主適應中起著重要作用。

03. 表觀產品線

急性腸病毒感染顯著改變宿主細胞的 DNA 甲基化狀態

Acute enterovirus infections significantly alter host cellular DNA methylation status

發表期刊

INFECTION GENETICS 

AND EVOLUTION  

影響因子

IF=2.611  

中科院雜志分區：3 區

通訊作者所在單位

中國藥科大學

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Illumina Human 

Methylation 450 BeadChip

摘要：

71 型急性腸病毒 (EV71) 和 A16 型柯薩奇病毒 (CVA16) 通常感染嬰幼兒引起手足口病（HFMD)。但腸病毒感染的分子機制仍然未知。在這項研究中，作者使用 Illumina Infinium Human Methylation450 BeadChip 分析了被 EV71 和 CVA16 感染后的宿主基因組 DNA 甲基化模式。被 EV71 感染的宿主細胞與對照組相比，有 3975 個顯著差異 CpG 位點，其中 2478 個相對高甲基化。被 CVA16 感染的細胞與對照組相比，共有 5197 個顯著差異 CpG 位點，其中 4288 個相對高甲基化。顯著差異甲基化位點所在的基因可能與兩種腸病毒的復制過程有關。GO，KEGG 富集分析顯示在病毒性心肌炎，Notch 信號通路和抗原加工呈遞等通路有明顯富集。研究從表觀遺傳學的角度對腸病毒 - 宿主相互作用網絡提供了一個新的視角，有助于進一步了解手足口病的發病機制。