2020 年 2 月份伯豪客戶共發表 15 項高分研究成果，其中影響因子大于 10 分的有 4 篇，平均影響因子 7.86，發表在 Cancer Cell, Cell Research, Nature Communication , Nucleic Acid Research 等。

一、 伯豪生物 RNA 測序產品線

【01】

Caveolin-2 is regulated by BRD4 and contributes to cell growth in pancreatic cancer

BRD4 調控 Caveolin- 2 參與胰腺癌細胞的生長

發表期刊   

Cancer Cell International

影響因子

IF=3.44   中科院雜志分區：3 區

通訊作者所在單位

上海交通大學醫學院附屬仁濟醫院腫瘤科

伯豪生物提供的產品或服務

mRNA 測序

摘要

蛋白質的溴域和末端外域（BET) 家族，尤其是 BRD4，在表觀遺傳調控中起重要作用，是細胞生存的基礎，也是很有前途的抗癌靶點。本研究旨在分析 BRD4 對胰腺癌細胞生長和進展的影響及其新的作用機制。研究發現，BRD4 在胰腺癌中過表達。生物學結果表明，BRD4 在體內外具有促進腫瘤細胞增殖、遷移和侵襲的作用。進一步，通過 RNA 測序，作者選擇了 caveolin- 2 作為 BRD4 的下游基因。caveolin- 2 過表達可部分逆轉 BRD4 敲除引起的細胞生長能力下降，但不影響細胞遷移和侵襲。染色質免疫沉淀實驗和雙熒光素酶報告基因實驗表明，BRD4 可與 caveolin- 2 啟動子區結合，上調 caveolin- 2 的表達。臨床資料進一步表明 BRD4 與 caveolin- 2 表達呈正相關。BRD4(高）/caveolin-2( 高）與胰腺癌患者總生存期較短相關。多因素分析顯示 BRD4 和 caveolin- 2 均為獨立因素。作者揭示了 BRD4 在胰腺癌中的致癌作用，并闡明了 BRD4 和 caveolin- 2 增強細胞生長的可能機制。通過開發 BET 抑制劑靶向 BRD4-caveolin- 2 相互作用將是胰腺癌的一種治療策略。

【02】

Direct Phosphorylation and Stabilization of MYC by Aurora B Kinase Promote T-cell Leukemogenesis

Aurora B 激酶通過直接磷酸化來穩定 MYC 促進 T 細胞白血病的發生

發表期刊  

Cancer Cell

影響因子  

IF=23.92 中科院雜志分區  1 區

通訊作者所在單位  

武漢大學醫學研究院

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RNA 測序

摘要

MYC 的異常調控在急性 T 淋巴細胞白血病（T-ALL) 中起著關鍵作用，但其異常調控的機制尚不清楚。本文研究人員確定了 Aurora B 蛋白激酶（AURKB) 和 MYC 相互激活的分子機制。AURKB 直接磷酸化 MYC 第 67 位絲氨酸，抑制 Gsk3β 誘導的第 58 位蘇氨酸磷酸化和隨后 FBXW7 介導的蛋白酶體降解，而穩定的 MYC 與急性 T 淋巴細胞白血病 1(TAL1) 結合，直接激活 AURKB 轉錄，從而構成一個正反饋調控環路，增強 MYC 的致癌作用。AURKB 抑制劑可顯著誘導 MYC 降解并伴隨白血病細胞的強烈死亡。該研究揭示了引起 T 細胞白血病發生的 AURKB-MYC 調控環路，并為通過抑制 AURKB 來靶向治療致癌 MYC 提供了理論基礎。

 【03】

Oplr16 Serves as a Novel Chromatin Factor to Control Stem Cell Fate by Modulating Pluripotency-Specific Chromosomal Looping and TET2-mediated DNA Demethylation

Oplr16 通過多能特異性染色體環和 TET2 介導的 DNA 去甲基化來調控干細胞的命運

發表期刊   

Nucleic Acids Research

影響因子  

IF=11.15     中科院雜志分區  1 區

通訊作者所在單位  

吉林大學第一醫院

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RNA 測序

摘要

多能特異性染色質網絡的形成是體細胞重編程為多能性狀態的關鍵。研究人員利用“染色質 RNA 原位逆轉錄測序”（CRIST-SEQ) 分析了與多潛能主控基因 Oct4 相互作用的 RNA 成分，研究發現了核 lncRNA Oplr16 與重編程的啟動密切相關。Oplr16 不僅與 Oct4 的啟動子相互作用調節其活性，還在重編程為多能性的過程中被特異性激活，激活表達的 Oplr16 是胚胎干細胞維持多能性所必需的，Oplr16 還能促進成纖維細胞重編程為多能細胞。RNA 逆轉錄相關的 TRAP 測序（RAT-SEQ) 結果表明，Oplr16 與多個與干細胞自我更新相關的靶基因相互作用。Oplr16 利用其 3’端片段招募染色質因子 SMC1 來協調形成多能特異性染色體內環。在與 Oct4 啟動子結合后，Oplr16 招募 TET2 誘導成纖維細胞 DNA 去甲基化并激活 Oct4，增強重編程。這些研究數據表明 Oplr16 作為一個關鍵的染色質因子可能通過調節染色質結構和 DNA 去甲基化來調控干細胞的命運。

 【04】

Dosage Effect of Multiple Genes Accounts for Multisystem Disorder of Myotonic Dystrophy Type 1

多基因的劑量效應是強直性肌營養不良 1 型多系統紊亂的原因

發表期刊    

Cell Research

影響因子

IF=17.85 中科院雜志分區  1 區

通訊作者所在單位  

中國科學院上海生命科學研究院

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生信分析

摘要

強直性肌營養不良 1 型（DM1) 的多系統表現可能是由于 DMPK 中 CTG 重復序列的異常擴增導致多個基因包括 DMPK 及其鄰近基因（SIX5 或 DMWD) 和 MBNL1 下游基因劑量減少所致。然而，這缺乏直接證據。本文研究人員通過將帶有突變的 DMPK、Six5 和 MBNL1 的單倍體胚胎干細胞注射到小鼠卵母細胞中，建立攜帶多基因雜合突變的小鼠模型來模擬劑量的減少。這種三重雜合子突變小鼠表現出成年患者發病的 DM1 表型。隨著 Dmwd 的附加突變，四重雜合突變小鼠表現出了很多先天性 DM1 的主要表型。此外，兩個模型中的肌肉干細胞都表現出干性降低，為篩選治療 DM1 的小分子提供了一個獨特的模型。本文研究結果提示 DM1 的復雜癥狀是多基因劑量減少的結果。

【05】

TfR1 binding with H-ferritin nanocarrier achieves prognostic diagnosis and enhances the therapeutic efficacy in clinical gastric cancer

TfR1 與鐵蛋白抗原納米載體綁定實現了臨床上胃癌預后診斷并增強治療的功效

發表期刊    

Cell Death Dis.

影響因子

IF=5.95 中科院雜志分區  2 區

通訊作者所在單位  

北京大學腫瘤醫院和研究所

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RNA 測序

摘要

h - 鐵蛋白（HFn) 納米載體是一種很有前途的腫瘤診斷和治療的平臺，可以通過結合轉鐵蛋白受體 1 特異性靶向腫瘤細胞。受此啟發，我們探索了 TfR1 在 GC 的治療功能。在 178 例 GC 組織中使用 magneto-HFn nanoparticle-based 免疫組織化學方法評估了 TfR1 的臨床顯著性意義。HFn-Dox 的治療效果在 TfR1 表達陽性的  GC-PDX 模型中進行評估。通過體外和體內試驗研究了 TfR1 的生物功能。TfR1 在 73.03%GC 組織中表達上調并與病人的預后負相關。TfR1 陰性細胞展示出增強腫瘤形成和遷移 / 入侵，而 TfR1-positive 細胞表現出顯著的增殖能力。TfR1 敲除的  GC 細胞也展示出增強細胞入侵的能力。TfR1 缺陷的細胞上調 PD-L1, CXCL9, 與 IFN-γCXCL10 實現免疫逃逸。免疫印跡結果表明 TfR1 敲除的  GC 細胞上調 Akt 和 STAT3 信號。此外，在 TfR1 陽性  GC-PDX 模型，HFn-Dox 組顯著地抑制腫瘤的生長，并增加老鼠生存。TfR1 可能是 GC 一個潛在的預后和治療性生物標志物：(i) TfR1 與病人的預后負相關，其陰性細胞擁有腫瘤侵襲功能；(2)TfR1 陽性細胞可以被 HFn 納米載體藥物殺死。鑒于 GC 的異質性，HFn 藥物納米載體結合其他療法提供了 TfR1 陰性細胞細胞（如小分子或免疫療法）治療的新的選項。

【06】

LncRNA NRAV promotes respiratory syncytial virus (RSV) replication by regulating vesicle transportation via targeting miR-509-3p/Rab5c axis

LncRNA NRAV 通過靶向 miR-509-3p/Rab5c 軸調節囊泡運輸并促進 RSV 病毒的復制

發表期刊

J Virol

影響因子

4.32   中科院分區   醫學 2 區

通訊作者所在單位

河北醫科大學

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RNA- Seq

摘要

呼吸道合胞病毒（RSV）是一種包膜 RNA  病毒，約 80% 的兒童下呼吸道感染是收到該病毒的感染。已有證據表明長非編碼 RNA（lncRNA）在許多病毒感染性疾病中發揮了作用。然而，尚不清楚 lncRNA 在 RSV 感染中的總體生物學效應和臨床作用。在這項研究中，與呼吸道   病毒感染有關的 lncRNAs  是從 lncRNA 數據庫中獲得的。研究人員收集了 144 個臨床痰標本，以鑒定與 RSV 相關的 lncRNA。感染、定量 PCR 檢測表明，表達 lncRNA NRAV 在 RSV 陽性患者比未感染的人是顯著降低，但 lncRNA PRINS、NEAT1、NEST 體內和體外沒有差別，同時，抗病毒反應負調節劑（NRAV）的過表達促進 RSV 在 A549 和 BEAS-2B 細胞中的增殖，反之亦然，這表明 NRAV 的下調是宿主抗病毒防御的一部分。RNA FISH 證實 NRAV 主要位于細胞質中。通過 RNA 測序發現 Rab5c 作為一種囊泡轉運蛋白，其變化趨勢與 NRAV 相同。隨后的研究表明，NRAV 通過吸附 miR-509-3p 間接促進 RSV 產生，從而釋放 Rab5c 并促進囊泡運輸。該研究為通過非編碼 RNA 進行的病毒 - 宿主相互作用提供了新的見解，這可能有助于探索呼吸道病毒的潛在抗病毒靶標。

 【07】

Hyperactive PI3Kδ predisposes naive T cells to activation via aerobic glycolysis programs.

極度活躍的 PI3Kδ 通過有氧糖酵解激活幼稚 T 細胞

發表期刊

Cell Mol Immunol

影響因子

影響因子 8.21，醫學  1 區

通訊作者所在單位

重慶醫科大學附屬兒童醫院風濕免疫科

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RNA- Seq

摘要

活化型磷酸肌醇 3 激酶 δ 綜合征（APDS）是一種由 PIK3CD 基因的致病性功能獲得（GOF）突變引起的常染色體顯性遺傳性聯合免疫缺陷病。APDS 患者 T 細胞穩態異常。然而，PIK3CD GOF 參與這一特征的機制仍不清楚。在這里，我們通過來自中國多個地區的 PIK3CD GOF 突變兒童的隊列和一個相應的 CRISPR/Cas9 基因編輯的小鼠模型，報道了高活性 PI3Kδ 通過內在地促進 TNaive 細胞的生長、增殖和活化，破壞了 TNaive 細胞在外周的穩態。結果表明，PIK3CD-GOF 可導致幼稚 T 細胞靜止相關基因表達譜丟失，促進幼稚 T 細胞過度生長、過度增殖并獲得激活的功能狀態。原始 PIK3CD-GOF 細胞在靜息或激活狀態下表現出糖酵解能力增強和線粒體呼吸減少。阻斷糖酵解可消除脾臟 T 細胞池異常，逆轉 PIK3CD-GOF 在體內外誘導的過度活化表型。這些結果提示 PIK3CD-GOF 誘導的幼稚 T 細胞過度活化需要增強的有氧糖酵解，為靶向糖酵解治療 APDS 及其他免疫疾病提供了一種潛在的治療途徑。

二、伯豪生物 表達譜芯片產品線

【01】

Liver governs adipose remodelling via extracellular vesicles in response to lipid overload

肝臟通過細胞外囊泡對脂質超載做出反應，從而控制脂肪重構

發表期刊

Nature Communications

影響因子

IF=11.88 中科院雜志分區：1 區

通訊作者所在單位  

南京大學醫學院；南京醫科大學

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ceRNA 芯片

摘要

脂質超載導致脂質在肝臟、脂肪、肌肉等代謝器官間重新分布；因此，肝臟與其他器官之間的相互作用對維持脂質內環境穩定非常重要。在這里，作者發現肝臟首先對脂質超載做出反應，并以脂肪細胞為目標發送肝源性胞外囊泡（EVs) 來調節脂肪生成和脂肪生成。肝臟中 Geranylgeranyl 二磷酸合酶（Ggpps) 的表達因脂質超載而增強，并通過 Rab27A geranylgerany 調節 EV 的分泌。一致地，肝臟特異性 Ggpps 缺陷小鼠減少了脂肪沉積。非酒精性脂肪肝（NAFLD) 患者血漿中幾種 EVs 來源的 miRNAs 的水平與體重指數（BMI) 呈正相關，這些 miRNAs 增強了脂肪細胞的脂質積累。因此，作者強調了肝臟感知不同代謝狀態并發出相應信號的器官間機制，以重塑脂肪組織，以適應脂肪超載引起的代謝變化。

【02】

MiR-30c-5p mediates the effects of panax notoginseng saponins in myocardial ischemia reperfusion injury by inhibiting oxidative stress-induced cell damage

MiR-30c-5p 通過抑制氧化應激誘導細胞損傷介導三七總皂甙對心肌缺血再灌注損傷的影響

發表期刊

BIOMEDICINE & PHARMACOTHERAPY

影響因子

IF=3.74     中科院雜志分區  2 區

通訊作者所在單位  

浙江大學藥物科學學院藥物信息學研究所；浙江中醫藥大學基礎醫學院

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Agilent Rat miRNA (8*15 K) V16.0

摘要

心肌缺血再灌注（MI/R）損傷是世界范圍內嚴重威脅人類健康的病理過程。近年來，microRNAs（miRNAs）在 MI/ R 損傷發病機制中的作用越來越受到重視。在此，作者對心肌缺血再灌注損傷大鼠的心臟進行了 miRNA 分析，并鑒定出 46 個 miRNA 在心肌缺血再灌注損傷組和對照組之間的差異表達。作者特別關注其中一個變化顯著的 miRNA miR-30c-5p，證明了它在 tBHP 處理的 H9c2 細胞中對心肌細胞損傷的保護作用。miR-30c-5p 的過表達增加了 tBHP 刺激后心肌細胞的存活率，降低了 LDH 的釋放，減少了心肌細胞的凋亡，同時下調了 p53 的表達。值得注意的是，三七總皂甙（PNS）治療人 MI/ R 損傷后，miR-30c-5p 水平明顯升高，具有顯著的臨床療效。此外，miR-30c-5p 抑制劑足以阻斷 PNS 及其活性成分人參皂苷 Re 對 tBHP 誘導的心肌細胞損傷的保護作用。PNS 處理的細胞中 p53 蛋白的表達也降低。綜上所述，研究者們確定了心肌梗死 / 再灌注損傷的新 miRNA，揭示了 MI R-30c-5p 在心肌梗死 / 再灌注后心肌細胞損傷和凋亡中的關鍵作用，并闡明了 miR-30c-5p 依賴于 PNS 的治療機制。今后的研究有必要探討 MI R-30c-5p 和其他多種 miRNA 在 MI/ R 損傷的發病機制和治療中的內源性意義。

 【03】

Long noncoding RNA MRPL23-AS1 Promotes Adenoid Cystic Carcinoma Lung Metastasis

長鏈非編碼 RNA MRPL23-AS1 促進腺樣囊性癌肺轉移

發表期刊   

Cancer Res. 

影響因子

影響因子  8.37 中科院分區  1 區

通訊作者所在單位  

北京大學附屬口腔醫院中心實驗室

伯豪生物提供的產品或服務  

Agilent Human lncRNA 4x180K

摘要

肺轉移是影響腺樣囊性癌患者長期生存的一個主要因素。在這里，我們表明，唾腺樣囊性癌（SACC) 患者長鏈非編碼 RNA (lncRNA) MRPL23 反義 RNA 1 (MRPL23-AS1) 高度表達與肺轉移和整體生存相關。MRPL23-AS1 與 EZH2 形成一個 RNA 蛋白復合體正向調控 epithelial-mesenchymal 轉變。MRPL23-AS1 在  E-cadherin 啟動子區域提高了 EZH2 和 H3K27me3 的綁定。此外，SACC 患者的血漿中分離的外泌體中 MRPL23-AS1 水平升高。MRPL23-AS1 富集的外泌體提高了微血管通透性，促進體內 SACC 的轉移。總的來說，這些發現展示了 SACC 肺轉移的分子機制。MRPL23-AS1 可能作為臨床干預來控制這種棘手的疾病的生物標志物和靶點。

三、伯豪生物蛋白 & 代謝產品線

【01】

ITRAQ-based quantitative proteomics reveals the first proteome profiles of piglets infected with porcine circovirus type 3

發表期刊  

J Proteomics

影響因子

影響因子  3.54 中科院分區  2 區

通訊作者所在單位  

北京市農林科學院畜牧獸醫研究所

伯豪生物提供的產品或服務  

iTRQA-label LC-MS/MS

摘要

豬環狀病毒 3 型（PCV3）感染導致豬皮炎和腎病綜合征、繁殖失敗、以及仔豬和母豬的多系統炎癥損傷。為了更好地了解宿主對 PCV3 感染的反應，我們采用相對和 jué對定量（iTRAQ）等壓標記結合 LC-MS/MS 技術，對 PCV3 感染 4 周后無病原仔豬肺內差異調節的細胞蛋白進行了定量測定。在 PCV3 感染組與對照組中，三次獨立質譜共檢測到 3429 個蛋白，其中 242 個差異性細胞蛋白被顯著調控，PCV3 感染組比對照組上調 100 個蛋白，下調 142 個蛋白。生物信息學分析表明，這些高豐度或低豐度蛋白質主要涉及代謝過程、先天免疫應答、MHC- I 和 MHC-II 組分以及吞噬體途徑。通過實時 RT-PCR 技術篩選出 10 個編碼差異調節蛋白的基因。免疫印跡和免疫組化進一步證實了 6 種代表性蛋白 OAS1、Mx1、ISG15、IFIT3、SOD2 和 HSP60 的表達水平。本研究嘗試利用 iTRAQ 技術研究 PCV3 感染仔豬的蛋白質譜，為更好地了解豬 PCV3 感染宿主反應的機制提供了有價值的信息。意義：我們的研究鑒定了與 PCV3 感染仔豬肺部多種潛在信號通路相關的差異豐富的蛋白質。這些發現為更好地了解宿主對 PCV3 感染的反應機制提供了有價值的信息。