截止今日，02 月以 DNA?methylation 為關(guān)鍵詞檢索到的文獻(xiàn)一共有 543 篇，小編挑出以下 6 篇作為重點分享內(nèi)容。這 6 篇文章主要面對臨床疾病與癌癥方向，包括多組學(xué) DNA 甲基化圖譜的揭示、疾病的甲基化分型與癌癥早篩等研究。小編在文末附表中也列出更多 DNA 甲基化研究的文獻(xiàn)和高分綜述的研究方向、登刊時間、技術(shù)平臺和摘要等信息，讓您不用再費時費力搜索，就能輕松獲取 02 月新的 DNA 甲基化研究成果和動態(tài)，平均 IF>10。

文章展示

標(biāo)題：精神分裂癥和相關(guān)疾病的表觀遺傳修飾：環(huán)境暴露的分子疤痕和表型變異的來源（綜述）

時間：2021/02

單位：蘇黎世大學(xué)

期刊：Biol?Psychiatry（IF?12.095）

摘要：現(xiàn)在，人們越來越多的認(rèn)識到表觀遺傳修飾在精神分裂癥和其他精神疾病的病因以及病理生理中起著重要作用。這篇綜述中，作者總結(jié)了精神分裂癥和相關(guān)疾病模型中表觀遺傳學(xué)改變的臨床和臨床前發(fā)現(xiàn)，并對其起源進(jìn)行了討論。近期的發(fā)現(xiàn)表明，某些精神分裂癥危險基因座可通過表觀遺傳過程影響基因表達(dá)的隨機變異，突顯了遺傳和表觀遺傳控制神經(jīng)發(fā)育軌跡之間的復(fù)雜相互作用。此外，精神分裂癥和相關(guān)疾病的表觀遺傳學(xué)改變中的很大一部分可能是通過環(huán)境因素獲得的，并可能形成為分子“疤痕”。這些疤痕中可能有一部分會影響整個生命周期中的大腦功能，甚至可能通過表觀遺傳的種系遺傳傳給幾代人。表觀遺傳修飾，無論是由遺傳還是環(huán)境因素引起的，都是導(dǎo)致表型異質(zhì)性的合理的分子來源，并為臨床治療干預(yù)提供了目標(biāo)。因此，表觀遺傳修飾的進(jìn)一步闡明可以增加我們對精神分裂癥異質(zhì)病因和病理生理的了解，并且從長遠(yuǎn)來看，可以通過使用生物標(biāo)志物指導(dǎo)的表觀遺傳干預(yù)來推進(jìn)個性化治療。

標(biāo)題：骨骼肌發(fā)育中的表觀基因組圖譜的揭示

時間：2021/02/22

單位：中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院深圳農(nóng)業(yè)基因組研究所

期刊：Nucleic?Acids?Res（IF?11.501）

平臺：WGBS、ATAC-seq、CHIP-seq、RNA-seq

摘要：DNA 甲基化對于基因表達(dá)的表觀遺傳調(diào)控很重要，并且在哺乳動物發(fā)育中起關(guān)鍵作用。然而，在骨骼肌發(fā)育中全基因組 DNA 甲基化的動態(tài)調(diào)節(jié)仍是未知之?dāng)?shù)。在這里，作者使用了 27 個不同發(fā)育階段的豬骨骼肌的揭示 DNA 甲基化組和轉(zhuǎn)錄組圖譜。從胚胎到成熟過程中，總體甲基化水平降低，這與 DNMT1 的表達(dá)下調(diào)和部分甲基化結(jié)構(gòu)域的增加高度相關(guān)。值得注意的是，作者鑒定到超過 40000 個發(fā)育差異甲基化的 CpG（dDMC），它們重構(gòu)了骨骼肌的發(fā)育軌跡，并與肌肉發(fā)育基因和轉(zhuǎn)錄因子（TF）相關(guān)。dDMC 在啟動子調(diào)控區(qū)域中的表達(dá)明顯不足，但在增強子組蛋白標(biāo)記和染色質(zhì)可及區(qū)域中卻非常豐富。綜合分析揭示了骨骼肌發(fā)育過程中與肌肉收縮和胰島素信號傳導(dǎo)相關(guān)的基因中啟動子和基因體甲基化呈現(xiàn)負(fù)調(diào)控。從機制上講，DNA 甲基化通過調(diào)節(jié)上游肌肉發(fā)生 TF 結(jié)合的可及性來影響肌肉相關(guān)基因的表達(dá)，表明 DNA 甲基化 /?SP1?/?IGF2BP3 軸參與了骨骼肌的發(fā)生。作者的結(jié)果主要揭示了骨骼肌發(fā)育中動態(tài) DNA 甲基化的功能和調(diào)控形式。

標(biāo)題：具有 SMARCA4 突變的非典型性類畸胎 / 類人瘤（ATRT）與 SMARCB1 缺陷病例的差異

時間：2021/02

單位：德國漢堡 - 埃彭多夫大學(xué)醫(yī)學(xué)中心

期刊：Acta?Neuropathol（IF?14.251）

平臺：450K、850K、RNA-seq

背景：非典型性類畸形 / 類人瘤（ATRT）是兒童中樞神經(jīng)系統(tǒng)的惡性腫瘤。潛在的遺傳病因是 SMARCB1 中或 SMARCA4 中的雙等位基因突變失活。與 SMARCB1 突變病例相比，ATRT-SMARCA4 與高的種系突變頻率，年齡更年輕，預(yù)后較差有關(guān)。根據(jù)其 DNA 甲基化譜和轉(zhuǎn)錄組學(xué)，SMARCB1 突變的 ATRT 已分為三個不同的分子亞組：ATRT-TYR，ATRT-SHH 和 ATRT-MYC。這些亞組在診斷時的年齡，腫瘤位置，SMARCB1 改變的類型和總生存率方面存在差異。但是，目前并不清楚 ATRT-SMARCA4 是否屬于所描述的 ATRT 子組之一，人們對其了解較少。這篇文章中，作者通過 DNA 甲基化分析檢查了 14 種 ATRT-SMARCA4。結(jié)果顯示，與 SMARCB1 突變的 ATRTs 和其他 SMARCA4 缺陷型腫瘤（如卵巢小鈣癌，高鈣血癥類型（SCCOHT）或 SMARCA4 突變型顱外惡性橫紋肌瘤）分離，它們能夠形成了一個單獨的亞組。相反，具有雜合 SMARCA4 突變的髓母細(xì)胞瘤（MB）樣本不會單獨分組，而是聚集在已建立的 MB 亞組。ATRT-SMARCA4 的 RNA 測序結(jié)果證實了基于 DNA 甲基化譜分析的聚類結(jié)果。總之，作者的結(jié)果與以前的臨床觀察一致，ATRT-SMARCA4 應(yīng)該被視為一個獨特的分子亞組。

標(biāo)題：基于 DNA 甲基化譜和 SMARCE1 突變對透明細(xì)胞腦膜瘤的分型

時間：2021/02

單位：海德堡大學(xué)

期刊：Acta?Neuropathol（IF?14.251）

平臺：450K、850K、靶向 DNA 測序、RNA-seq

摘要：透明細(xì)胞腦膜瘤是一種罕見的腦膜瘤變體，兒童和青年都會受其影響。盡管已經(jīng)報道了透明細(xì)胞腦膜瘤中存在大量 SMARCE1 基因的功能缺失型突變，但仍缺乏全面的分子研究。這篇文章中，作者之初檢測了 3093 個腦膜瘤隊列（大多數(shù)在組織學(xué)上被診斷為透明細(xì)胞腦膜瘤）的全基因組 DNA 甲基化水平，并定義了其不同的亞型（n?=?31）。同時，該隊列也進(jìn)一步對另外 11 種經(jīng)組織學(xué)診斷的透明細(xì)胞腦膜瘤進(jìn)行分析（n?=?42）。靶向 DNA 測序揭示了 33/34 個分析樣品中發(fā)生 SMARCE1 突變，并經(jīng)免疫組織化學(xué)確定其伴隨著核表達(dá)喪失和腫瘤細(xì)胞中 SMARCE1 表達(dá)的降低。與世界衛(wèi)生組織 2 級腦膜瘤（n?=?220）相比，透明細(xì)胞腦膜瘤組（n?=?14）患者進(jìn)展或復(fù)發(fā)時間的分析結(jié)果與其相似，說明透明細(xì)胞腦膜瘤歸類到世界衛(wèi)生組織 2 級腦膜瘤。作者的發(fā)現(xiàn)表明，透明細(xì)胞腦膜瘤存在高度獨特的表觀遺傳學(xué)特征，與所有其他腦膜瘤變體不同的是其在 SMARCE1 基因中具有反復(fù)突變。這些結(jié)果表明透明細(xì)胞腦膜瘤可能源于與其他腦膜瘤亞型的不同前體細(xì)胞群。

標(biāo)題：非 CG 甲基化和多種組蛋白譜揭示兒童虐待與免疫及小 GTPase 失調(diào)相關(guān)

時間：2021/02/18

單位：加拿大蒙特利爾麥吉爾大學(xué)

期刊：Nat?Commun（IF?12.121）

平臺：WGBS、RNA-Seq、ChIP-seq??

摘要：早期逆境（ELA）是心理病理學(xué)的主要預(yù)測指標(biāo)，被認(rèn)為可以通過表觀遺傳調(diào)控基因組從而增加終身風(fēng)險。這篇文章中，作者通過檢測側(cè)腦杏仁核（情緒穩(wěn)態(tài)的主要大腦部位）的 6 個組蛋白標(biāo)記和 DNA 甲基化以及轉(zhuǎn)錄組，揭示具有 ELA 和控制史受試者的基因組中多種調(diào)控機制。在健康的大腦組織中，作者首先發(fā)現(xiàn)在 CAC 環(huán)境中不同組蛋白標(biāo)記與非 CG 甲基化之間存在相互作用。此外，作者發(fā)現(xiàn) ELA 與正常 CAC 中頻繁發(fā)生的甲基化變化相關(guān)，并且在 CG 環(huán)境中則是如此，而這兩種可塑性形式則發(fā)生在截然不同的基因組區(qū)域，特征和染色質(zhì)狀態(tài)中。結(jié)合這些多個數(shù)據(jù)表明，在 ELA 個體的杏仁核中，與免疫相關(guān)的 GTPase 和小的 GTPase 信號傳導(dǎo)途徑受到抑制的損害。總的來說，這項工作提供了大腦調(diào)節(jié)中基因組的調(diào)控形式，這是早期生活經(jīng)驗的函數(shù)。

標(biāo)題：全基因組 cfDNA 甲基化分析可提高早期乳腺癌無創(chuàng)診斷成像的準(zhǔn)確性

時間：2021/02/19

單位：北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院國家癌癥中心

期刊：Mol?Cancer（IF?15.302）

平臺：WGBS?

摘要：早期發(fā)現(xiàn)對于提高乳腺癌（BC）患者的結(jié)局和生存至關(guān)重要。目前，BC 早期檢測主要采用乳房成像報告和數(shù)據(jù)系統(tǒng)（BI-RADS）分類的乳房 X 線照片和超聲檢查，其假陽性率較高，尤其是在 BI-RADS?4 類患者中會導(dǎo)致不必要的活檢。cfDNA 甲基化檢測已經(jīng)成為一種重要的非侵入性癌癥檢測方法。這篇文章中，作者通過使用 WGBS 數(shù)據(jù)進(jìn)行前瞻性多中心研究，以確定 203 位可能患有惡性乳腺癌的女性患者的 cfDNA 甲基化標(biāo)記物的臨床應(yīng)用。作者首先使用機器學(xué)習(xí)挖掘出乳腺癌中的 cfDNA 甲基化標(biāo)記物，基于 cfDNA 甲基化標(biāo)記物構(gòu)建的模型能夠顯著改善 BI-RADS?4 類患者的早期診斷能力（AUC 從 0.78-0.79 增至 0.93-0.94）。作為一項驗證性研究，作者通過血液的全基因組 DNA 甲基化檢測，以單堿基分辨率從良性腫瘤中篩查乳腺癌樣本。這項研究將液體活檢與傳統(tǒng)診斷成像相結(jié)合，不僅能夠降低早期篩查的假陽性率且能夠避免不必要的傷害，因此基于 cfDNA 甲基化的液體活檢技術(shù)有利于改善當(dāng)前的臨床實踐。

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