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單細(xì)胞 RNA 測序?yàn)閷ふ倚碌陌柎暮D∷幬锇悬c(diǎn)鋪新路
發(fā)布時(shí)間:2020-11-06 瀏覽次數(shù):7861
自1906年初次發(fā)現(xiàn)阿爾茨海默病(AD)以來,我們對它的科學(xué)認(rèn)識已經(jīng)有了很大的進(jìn)步。然而在預(yù)測每個(gè)人的疾病如何進(jìn)展時(shí),目前仍存在很大的不確定性。

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通過功能性磁共振成像生成的整個(gè)大腦的多色圖像(經(jīng)過處理)。

  圖片來源:美國國立衛(wèi)生研究院,國家精神衛(wèi)生研究所(侵刪)。

自 1906 年初次發(fā)現(xiàn)阿爾茨海默病(AD)以來,我們對它的科學(xué)認(rèn)識已經(jīng)有了很大的進(jìn)步。然而在預(yù)測每個(gè)人的疾病如何進(jìn)展時(shí),目前仍存在很大的不確定性。例如,我們不知道為什么有些人在確診后可以存活 20 年,而事實(shí)上確診后的平均存活年限只有 4 到 8 年(1)。2020 年初,兩項(xiàng)針對 β - 淀粉樣蛋白(Aβ,阿爾茨海默病的主要臨床表現(xiàn)為 Aβ 蛋白的積累(2))的臨床試驗(yàn)均遭遇失敗——使得我們在對這種疾病認(rèn)知上的空白逐漸浮出水面。這些失敗,加上此前許多候選藥物無法減輕認(rèn)知能力下降的挫折,一些研究人員重新回到實(shí)驗(yàn)室——他們希望更好地了解與 AD 進(jìn)展相關(guān)的細(xì)胞類型,并鑒定新的藥物靶點(diǎn)(3)。


追蹤 AD 進(jìn)展過程中星形膠質(zhì)細(xì)胞的基因表達(dá)變化

據(jù)報(bào)道,非神經(jīng)元細(xì)胞在阿爾茨海默病的發(fā)作和進(jìn)展中起一定作用。然而,具體機(jī)制仍不清楚,部分原因在于這些細(xì)胞的異質(zhì)性讓傳統(tǒng)的大量細(xì)胞分析充滿挑戰(zhàn)(4,5)。認(rèn)識到這一基本問題后,來自耶路撒冷希伯來大學(xué)、魏茲曼研究所、Broad 研究所和麻省理工學(xué)院的研究人員聯(lián)合構(gòu)建了詳細(xì)的海馬體細(xì)胞分子圖譜,以鑒定這一腦區(qū)的非神經(jīng)元細(xì)胞群在 AD 中扮演的角色(5)。

為了構(gòu)建這些圖譜,研究人員采用 Chromium 單細(xì)胞基因表達(dá)技術(shù),對野生型小鼠或轉(zhuǎn)基因 AD 小鼠模型海馬體中的 54,769 個(gè)單細(xì)胞核開展 RNA-seq 分析。他們的比較分析表明,星形膠質(zhì)細(xì)胞可分為三種主要的轉(zhuǎn)錄狀態(tài),其中一種是 AD 模型所特有的。時(shí)間點(diǎn)分析表明,AD 特異性的亞群,又稱為疾病相關(guān)的星形膠質(zhì)細(xì)胞(DAA),出現(xiàn)在認(rèn)知能力下降之前,而且各個(gè)時(shí)間點(diǎn)的發(fā)生率逐漸增加,反映出更晚期的疾病狀態(tài)。此外,這個(gè)亞群位于疾病表現(xiàn)較嚴(yán)重的大腦區(qū)域中 Aβ 斑塊的附近。

盡管動(dòng)物模型為了解疾病機(jī)制提供了一個(gè)很好的窗口,但從這些模型中獲得的結(jié)論并不一定能夠轉(zhuǎn)化到人類疾病。這項(xiàng)研究從這些結(jié)果與人類的相關(guān)性中排除了猜測,發(fā)現(xiàn)了衰老的死后大腦中三種不同轉(zhuǎn)錄狀態(tài)的等效物以及 AD 患者中較高頻率的 DAA 樣細(xì)胞。這些結(jié)果表明了星形膠質(zhì)細(xì)胞在阿爾茨海默病(特別是 zuì 初的發(fā)病機(jī)制)中的動(dòng)態(tài)激活過程,并暗示 DAA 有望成為新的治療靶點(diǎn)。

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健康大腦與重癥阿爾茨海默病大腦的比較。

圖片來源:美國國立衛(wèi)生研究院,國家衰老研究所(侵刪)。


TREM2 的治療潛力:從實(shí)驗(yàn)室發(fā)現(xiàn)到臨床前驗(yàn)證

小膠質(zhì)細(xì)胞是研究人員一直在重點(diǎn)研究的另一種非神經(jīng)元細(xì)胞。受體蛋白的變體,比如髓樣細(xì)胞觸發(fā)性受體 2(TREM2),與阿爾茨海默病的風(fēng)險(xiǎn)增加相關(guān)(6)。2020 年 1 月,由華盛頓大學(xué)醫(yī)學(xué)院的資深研究員 Marco Colonna 領(lǐng)導(dǎo)的國際研究團(tuán)隊(duì)在《Nature Medicine》雜志上發(fā)表文章,報(bào)道了一項(xiàng)全面的基因表達(dá)研究,對小鼠和人類大腦中與 TREM2 相關(guān)的轉(zhuǎn)錄變化進(jìn)行了分析(7)。

有趣的是,通過 Chromium 單細(xì)胞基因表達(dá)開展的單核測序表明,小鼠模型和人類大腦中的 AD 病癥所表達(dá)的轉(zhuǎn)錄特征大相徑庭。AD 小鼠模型含有一個(gè)獨(dú)特的活化小膠質(zhì)細(xì)胞群體,稱為疾病相關(guān)的小膠質(zhì)細(xì)胞(DAM),其存在依賴于 Aβ 和 TREM2。相比之下,人類 AD 樣本中的小膠質(zhì)細(xì)胞群體,其轉(zhuǎn)錄特征與外周神經(jīng)損傷中觀察到的相似。不過,這還不是 TREM2 故事的 zuì 終結(jié)局。這項(xiàng)研究還發(fā)現(xiàn),表達(dá) TREM2 的 R47H 和 R62H 變體的患者在小膠質(zhì)細(xì)胞的激活上存在缺陷,這表明 TREM2 仍在人類 AD 發(fā)病機(jī)理中起到重要作用。

這些發(fā)現(xiàn)以及其他一些有希望的基礎(chǔ)研究,提出 TREM2 有可能成為良好的治療靶點(diǎn)。為了檢驗(yàn)這種可能性,Colonna 實(shí)驗(yàn)室的成員與專注于神經(jīng)退行性疾病的制藥公司 Alector LLC 合作,對 AL002c(一種抗人 TREM2 的激動(dòng)型單克隆抗體)是否能夠調(diào)節(jié)小膠質(zhì)細(xì)胞激活以及 AD 進(jìn)行臨床前驗(yàn)證(8)。在確認(rèn) AL002c 能夠激活 hTREM2 后,他們采用 Chromium 單細(xì)胞基因表達(dá)技術(shù)來鑒定這種治療劑的急性給藥如何影響小膠質(zhì)細(xì)胞的激活。

根據(jù)基因表達(dá)譜,他們將小膠質(zhì)細(xì)胞(n = 31,948)細(xì)分為穩(wěn)態(tài)小膠質(zhì)細(xì)胞、1 期 DAM、過渡性小膠質(zhì)細(xì)胞、增殖性小膠質(zhì)細(xì)胞,以及表達(dá) IFN 誘導(dǎo)基因的小膠質(zhì)細(xì)胞。AL002c 的小鼠急性給藥讓具有穩(wěn)態(tài)轉(zhuǎn)錄圖譜的小膠質(zhì)細(xì)胞數(shù)量下降,并讓過渡性和增殖性小膠質(zhì)細(xì)胞的數(shù)量增加,而這兩種都是之前未發(fā)現(xiàn)的新亞型。在含有 TREM2 變體的轉(zhuǎn)基因小鼠中也觀察到這種誘導(dǎo)的增殖。

進(jìn)一步的實(shí)驗(yàn)表明,持續(xù)的 AL002c 治療在總體上產(chǎn)生了積極的結(jié)果,包括絲狀 Aβ 斑塊和神經(jīng)突損害減少,受影響的行為減少,以及小膠質(zhì)細(xì)胞炎癥反應(yīng)減輕。這些臨床前評估以及人體初次 I 期臨床試驗(yàn)的安全性結(jié)果表明,AL002c 作為一種有希望的 AD 治療候選藥物,值得進(jìn)一步研究。


加深我們對 AD 的認(rèn)識

盡管科學(xué)家還在努力揭示阿爾茨海默病的分子基礎(chǔ),但這些研究表明,有了單細(xì)胞 RNA-seq 等強(qiáng)大工具,他們?nèi)缃裼心芰?yīng)對疾病的生物學(xué)復(fù)雜性。隨著與疾病相關(guān)的細(xì)胞亞群的遺傳和功能差異得到更好的鑒定,科學(xué)家能夠解決之前無法回答的問題,清除影響我們?nèi)嬲J(rèn)識 AD 的障礙。之后,他們可使用這些基本發(fā)現(xiàn)去評估新的、更有希望的藥物靶點(diǎn)的臨床前可行性。

本文來源:10x Genomics(侵刪)

參考資料:

https://www.alz.org/alzheimers-dementia/facts-figures

https://www.advisory.com/daily-briefing/2020/02/12/alzheimers-disease

https://www.npr.org/sections/health-shots/2020/06/25/883026917/alzheimer-s-research-is-going-back-to-basics-to-find-best-way-forward

BD Strooper, E Karran. The Cellular Phase of Alzheimer’s Disease. Cell. 164, 603–615 (2016).

N Habib et al., Disease-Associated Astrocytes in Alzheimer’s Disease and Aging. Nat. Neurosci. 23, 701–706 (2020).

T K Ulland, M Colonna. TREM2 — A Key Player in Microglial Biology and Alzheimer Disease. Nat. Rev. Neurol. 14, 667–675 (2018).

Y Zhou et al., Human and Mouse Single-Nucleus Transcriptomics Reveal TREM2-Dependent and TREM2-Independent Cellular Responses in Alzheimer’s Disease. Nat. Med. 26, 131–142 (2020).

S Wang et al., Anti-Human TREM2 Induces Microglia Proliferation and Reduces Pathology in an Alzheimer’s Disease Model. J. Exp. Med. 217, e20200785 (2020).


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