胃腸道腫瘤是常見和主要的惡性腫瘤，包括胃癌、結(jié)腸和直腸癌等。胃癌發(fā)病有明顯的地域性差別，在我國(guó)的西北與東部沿海地區(qū)胃癌發(fā)病率比南方地區(qū)明顯為高。好發(fā)年齡在 50 歲以上，男女發(fā)病率之比為 2：1。大腸癌是常見的惡性腫瘤，包括結(jié)腸癌和直腸癌，近年有向近端（右半結(jié)腸）發(fā)展的趨勢(shì)。其發(fā)病與生活方式、遺傳、大腸腺瘤等關(guān)系密切。

文章展示

文章一

癌癥類型：結(jié)直腸癌

樣本類型：細(xì)胞

時(shí)間：2019.10.16

雜志：Mol Cancer. 15.302

摘要：YAP 的激活對(duì)包括結(jié)直腸癌在內(nèi)的癌癥發(fā)展至關(guān)重要。然而，lncRNAs 的 m6A 修飾是否能在癌癥進(jìn)展中調(diào)節(jié) YAP 的激活尚不清楚。作者通過(guò) RIP 測(cè)序，RNA FISH 和免疫熒光共染色法篩選 YAP 相互作用的 lncRNA，研究了 YAP 和 lncRNA GAS5 之間的相互作用。MeRIP-seq 與 lncRNA-seq 用于鑒定 CRC 中 YTHDF3 識(shí)別的帶有 m6A 修飾的靶基因。進(jìn)行功能獲得和功能喪失以分析 GAS5-YAP-YTHDF3 軸在體外和體內(nèi) CRC 進(jìn)展中的功能。GAS5 與 YAP 的 WW 結(jié)構(gòu)域直接相互作用，促進(jìn)內(nèi)源性 YAP 從細(xì)胞核轉(zhuǎn)移到細(xì)胞質(zhì)，并促進(jìn) YAP 的磷酸化和隨后泛素介導(dǎo)的降解，從而在體外和體內(nèi)抑制 CRC 進(jìn)程。值得注意的是，證明了 m6A reader YTHDF3 不僅是 YAP 通路的新靶點(diǎn)，而且是 YAP 信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)的關(guān)鍵參與者，lncRNA GAS5 的 m6A 修飾通過(guò) YTHDF3 識(shí)別促進(jìn)了其降解，這為 CRC 進(jìn)展提供了新的見解。在臨床上，CRC 患者的腫瘤中 lncRNA GAS5 表達(dá)與 YAP 和 YTHDF3 蛋白水平呈負(fù)相關(guān)。本研究揭示了 lncRNA GAS5-YAP-YTHDF3 軸的負(fù)功能環(huán)，并確定了在 CRC 進(jìn)展過(guò)程中 GAS5 的 m6A 修飾誘導(dǎo)了 YAP 信號(hào)衰減的新機(jī)制，這可能為 CRC 治療提供了有希望的方法。

doi: 10.1186/s12943-019-1079-y.

文章二

癌癥類型：胃癌

樣本類型：外周血  

時(shí)間：2020.2.1

雜志：Clin Chem. 7.292

摘要：本研究旨在評(píng)估 m6A 水平作為胃癌（GC）診斷的生物標(biāo)志物。作者收集 100 例胃癌患者、30 例良性胃病（BGD) 患者和 75 例健康對(duì)照者的外周血。通過(guò)檢測(cè) total RNA 中 m6A 水平和 m6A 相關(guān)蛋白的表達(dá)水平。與 BGD、HC 組相比，GC 組外周血中 total RNA 的 m6A 水平明顯升高。與 HC 組相比，GC 組中 m6A 去甲基酶 ALKBH5 和 FTO 的表達(dá)明顯下調(diào)。GC 細(xì)胞共培養(yǎng)增加了早幼粒細(xì)胞（HL-60)、單核細(xì)胞（THP-1) 白血病細(xì)胞和非致瘤性人外周血 B 淋巴細(xì)胞（penge - ebv) 中 RNA m6A 修飾水平。此外，異種移植模型小鼠的外周血中 total RNA 的 m6A 水平升高。在體內(nèi)和體外，ALKBH5 和 FTO 的表達(dá)均降低。外周血 RNA 中 m6A 水平是一種很有前途的胃癌患者非侵入性診斷生物標(biāo)志物。

doi: 10.1093/clinchem/hvz004.

文章三

癌癥類型：胃腸道腫瘤

樣本類型：組織

時(shí)間：2020.7.25

雜志：Theranostics. 8.579

摘要：目前尚不清楚 m6A 在胃腸道（GI）癌癥中的潛在修飾機(jī)制。在這里，我們對(duì) GI 癌癥中的 9 種已知的 m6A 相關(guān)酶進(jìn)行了全面的分析。使用了來(lái)自 TCGA 和 GEO 的數(shù)據(jù)，并進(jìn)行通路富集分析。在 STRING 在線平臺(tái)上分析了 m 6 A 相關(guān)酶的蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)及其相關(guān)途徑成員。在 MEGA7 中構(gòu)建了系統(tǒng)發(fā)育樹。m6A 修飾位點(diǎn)由 SRAMP 預(yù)測(cè)。通過(guò) m6A SNP 分析了 m6A 相關(guān)的 SNP 位點(diǎn)。m6A 相關(guān)途徑成員的調(diào)控方式已通過(guò) m6A-seq，qPCR 和 MAPK 磷酸化芯片進(jìn)行了驗(yàn)證。作者發(fā)現(xiàn)胃腸癌中的大多數(shù) m6A 相關(guān)調(diào)節(jié)因子均被上調(diào)，它們的差異表達(dá)顯著影響了胃腸癌患者的總體生存。發(fā)現(xiàn)磷脂酰肌醇 -3- 激酶（PI3K）/ Akt 和哺乳動(dòng)物雷帕霉素靶標(biāo)（mTOR）信號(hào)通路在包括胃腸道癌在內(nèi)的大多數(shù)人類癌癥中可能受到 m6A 修飾的影響，m6A-seq 和 MAPK 磷酸化芯片證實(shí)了這一點(diǎn)。研究表明，m6A RNA 修飾在調(diào)節(jié) PI3K / Akt 和 mTOR 信號(hào)通路功能中具有重要作用。

doi: 10.7150/thno.42971.  eCollection 2020.

文章四

癌癥類型：胃癌

樣本類型：組織

時(shí)間：2019.10.13

雜志：Mol Cancer. 15.302

摘要：目前，m6A 的異常調(diào)節(jié)在腫瘤上皮 - 間充質(zhì)轉(zhuǎn)化（EMT) 和轉(zhuǎn)移中的作用尚不清楚。采用 qRT-PCR 和免疫組織化學(xué)方法評(píng)價(jià) METTL3 在胃癌（GC）中的表達(dá)。通過(guò)體外和體內(nèi)實(shí)驗(yàn)研究了 METTL3 對(duì)胃癌轉(zhuǎn)移的影響。METTL3 的作用機(jī)制通過(guò) MeRIP-seq、MeRIP qRT-PCR、共焦 immunofluorescent 分析、熒光素酶分析、免疫共沉淀、RNA 免疫沉淀反應(yīng)和染色質(zhì)免疫沉淀反應(yīng)進(jìn)行了探討。METTL3 在胃癌樣本中上調(diào)。臨床上，METTL3 水平升高是預(yù)后不良的預(yù)測(cè)因素。在功能上，發(fā)現(xiàn) METTL3 在體外的 EMT 過(guò)程和體內(nèi)的轉(zhuǎn)移過(guò)程中都是必需的。在機(jī)制上，初次揭示了 GC 細(xì)胞中 METTL3 介導(dǎo)的 m6A 修飾譜，并確定鋅指 mym 型含 1 (ZMYM1) 是 METTL3 真正的 m6A 靶點(diǎn)。METTL3 對(duì) ZMYM1 mRNA 進(jìn)行 m6A 修飾，依賴于“reader”蛋白 HuR(也稱 ELAVL1) 依賴途徑，增強(qiáng)了其穩(wěn)定性。此外，ZMYM1 通過(guò)招募 CtBP/LSD1/CoREST 復(fù)合物結(jié)合并介導(dǎo)對(duì) E -cadherin 啟動(dòng)子的抑制，從而促進(jìn) EMT 程序和轉(zhuǎn)移。總的來(lái)說(shuō)，研究結(jié)果表明了 m6A 修飾在胃癌中的重要作用，并發(fā)現(xiàn) METTL3/ZMYM1/E-cadherin 信號(hào)通路在胃癌抗轉(zhuǎn)移策略中是一個(gè)潛在的治療靶點(diǎn)。

doi: 10.1186/s12943-019-1065-4.

文章五

癌癥類型：胰腺癌

樣本類型：組織

時(shí)間：2020.8.25

雜志：Mol Cancer. 15.302

摘要：胰腺癌是人類致命的癌癥之一。m6A 是一種常見的真核 mRNA 修飾，在生理和病理過(guò)程中都發(fā)揮著重要作用。然而，它在胰腺癌中的作用仍然不明確。作者通過(guò) LC/MS 用于測(cè)定胰腺癌和正常組織中 m6A 的水平。利用生物信息學(xué)分析、qPCR、免疫組織化學(xué)和 western blotting 來(lái)確定 m6A 相關(guān)酶在胰腺癌中的作用。利用 MeRIP-Seq 和 RNA-Seq 評(píng)估 METTL14 的下游靶點(diǎn)。作者發(fā)現(xiàn) m6A 水平在 70% 的胰腺癌樣本中升高。此外，作者證明 METTL14 是調(diào)節(jié) m6A 甲基化的主要酶。METTL14 過(guò)表達(dá)可通過(guò)直接靶向下游 PERP mRNA，并以 m6A 依賴的方式在體內(nèi)外顯著促進(jìn)胰腺癌細(xì)胞的增殖和遷移。m6A 修飾導(dǎo)致胰腺癌細(xì)胞內(nèi)的 PERP mRNA 周轉(zhuǎn)增加，從而降低了 PERP (mRNA 和蛋白）水平。研究數(shù)據(jù)提示 METTL14 的上調(diào)通過(guò) m6A 修飾導(dǎo)致 PERP 水平下降，促進(jìn)胰腺癌的生長(zhǎng)和轉(zhuǎn)移，因此，METTL14 是其潛在的治療靶點(diǎn)。

doi: 10.1186/s12943-020-01249-8.

文章六

癌癥類型：結(jié)直腸癌

樣本類型：組織 & 細(xì)胞

時(shí)間：2020.2.1

雜志：Mol Cancer. 15.302

摘要：目前我們對(duì)結(jié)直腸癌（CRC) 中 m6A 的了解非常有限。作者設(shè)計(jì)了這項(xiàng)研究來(lái)研究 m6A 在 CRC 中的作用。從公共數(shù)據(jù)庫(kù)和組織陣列中提取 METTL14 的表達(dá)水平，研究 METTL14 在 CRC 中的臨床相關(guān)性。接下來(lái)，我們通過(guò)過(guò)表達(dá) / 基因敲除實(shí)驗(yàn)來(lái)定義 METTL14 在 CRC 進(jìn)展中的作用。同時(shí)應(yīng)用轉(zhuǎn)錄組測(cè)序（RNA-seq) 篩選 METTL14 的潛在靶點(diǎn)。通過(guò) RNA pull-down 和 RIP-seq 實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證了 METTL14 與推測(cè)靶點(diǎn)的特異性結(jié)合。此外，作者還進(jìn)行了表型補(bǔ)救實(shí)驗(yàn)和 MeRIP-seq 來(lái)揭示其機(jī)制。臨床上，METTL14 缺失與 CRC 患者預(yù)后不良相關(guān)。在功能上，下調(diào) METTL14 可以顯著增強(qiáng) CRC 細(xì)胞的體外增殖和侵襲能力，在體內(nèi)促進(jìn)腫瘤的發(fā)生和轉(zhuǎn)移。機(jī)制上，RNA-seq 和 Me-RIP 將 lncRNA XIST 識(shí)別為 METTL14 的下游靶點(diǎn)。METTL14 的敲除實(shí)質(zhì)上消除了 m6A 水平的 XIST 和增強(qiáng)的 XIST 表達(dá)。發(fā)現(xiàn) m6A 甲基化的 XIST 可以被 m6A reader 蛋白 YTHDF2 識(shí)別，從而介導(dǎo) XIST 的降解。在 CRC 組織中，XIST 表達(dá)與 METTL14 和 YTHDF2 呈負(fù)相關(guān)。研究強(qiáng)調(diào)了 METTL14 在 CRC 中的功能和預(yù)后價(jià)值，并加深了對(duì) RNA 表觀遺傳學(xué)在癌癥生物學(xué)中的重要性的理解。

doi: 10.1186/s12943-020-1146-4.

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