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【標題】粘膜或全身暴露于微生物群影響 B 細胞庫的形成
【平臺】10X?V(D)J
【期刊】Nature（IF=43.1）
【時間】2020-08-05
【摘要】微生物群定植會刺激 B 細胞，誘導免疫球蛋白，但許多菌群定植的哺乳動物擁有高度復雜和個體化的免疫球蛋白庫。研究人員使用簡化的模型，對無菌小鼠中不同微生物群進行瞬時暴露，以探究微生物群如何塑造 B 細胞庫及其功能響應能力。他們通過深度測序跟蹤了 B 細胞群體以及單細胞中免疫球蛋白庫的發展。腸道粘膜上的微生物暴露所產生的寡克隆反應不同于無菌小鼠，并且不同于靜脈注射導致全身性暴露于微生物群后所產生的多樣性。劑量遞增后，IgA 庫（主要識別細胞表面抗原）沒有擴增，而全身性接觸微生物使 IgG 庫增加并可識別微生物細胞質和細胞表面抗原。暴露于微生物主要影響 B 細胞在記憶和漿細胞階段特征性免疫球蛋白重鏈庫的形成。有序地全身性暴露于不同的微生物類群可使 IgG 種類多樣化，并促進了其他特異性反應，而依次暴露于粘膜則產生有限的重疊種類，并且會破壞初始 IgA 結合特異性。這顯示了免疫系統對全身性暴露的靈活反應和避免致命性敗血癥反應，這與暴露于粘膜后產生的受限反應之間形成對比，反映了粘膜中宿主 - 共生微生物的一般性質。
【標題】有袋動物胚胎發生和 X 失活的單細胞轉錄組圖譜
【平臺】Smart-seq2
【期刊】Nature（IF=43.1）
【時間】2020-08-19
【摘要】胚胎的單細胞 RNA 測序可以以前所未有的分辨率解決發育的轉錄環境。迄今為止，關于哺乳動物胚胎單細胞 RNA 測序的研究主要集中在真哺乳亞綱動物。對哺乳動物之外群體的分析有可能發現高度保守的譜系特征和多能性因素，并且可以擴展人們對 X 劑量補償的理解。大約在 1.6 億年前，后哺乳下綱（有袋類）哺乳動物與真獸亞綱哺乳動物分離。它們具有獨特的發育特征，包括晚期著床和印跡 X 染色體失活，這與 XIST 樣非編碼 RNA?RSX3 的表達有關。本文研究者對有袋類動物灰色短尾負鼠（Monodelphis?domestica) 的胚胎發生和 X 染色體失活進行了單細胞 RNA 測序分析。研究人員揭示了表皮細胞、原始內胚層和滋養外胚層的發育軌跡和轉錄特征，并鑒定了真獸亞綱動物 - 有袋動物分離之前深度保守的譜系特異標記。RSX 包被和 X 染色體失活在發育早期快速產生。該研究結果支持以下假說：在具有早期 X 染色體失活的生物中，印跡 X 染色體失活可阻止雙等位基因 X 沉默。研究者發現 XSR 是一種從活性 X 染色體表達的 RSX 反義轉錄本，是印跡 X 染色體失活的候選調控因子。該研究數據集在進化上提供了對哺乳動物胚胎發育和 X 劑量補償的新見解。
【標題】異型細胞 - 細胞通訊調節腺干細胞的多能性
【平臺】Smart-seq2
【期刊】Nature（IF=43.1）
【時間】2020-08-26
【摘要】腺上皮包括乳腺和前列腺，由基底細胞（BCs) 和腔細胞（LCs) 組成。許多腺上皮細胞是由多能基底干細胞（BSCs) 發育而來的，成年后這些細胞會被不同的單能干細胞所取代。然而，成體單能骨髓干細胞在再生條件下和癌基因表達時可以重新激活多能性。這表明，在正常生理條件下，一種活躍的機制限制了 BSC 的多能性，盡管這種機制的性質尚不清楚。本文研究者表明 LCS 的消融可以在小鼠體內和體外在器官中重新激活來自多個上皮細胞的 BSCs 的多能性。Bulk 和單細胞 RNA 測序顯示在 LC 消融后，BSCs 在產生 LCs 之前激活了一個混合的基底和腔細胞分化程序，這讓人想起在胚胎發育過程中調節多能性的遺傳程序。通過從單細胞數據預測配體 - 受體對，研究者發現 LCS 分泌的 TNF- 在正常生理條件下限制了 BC 的多能性。相反，LC 消融后，Notch、Wnt 和 EGFR 通路在 BSCs 及其子代中被激活，阻斷這些通路或刺激 TNF 通路可抑制再生誘導的 BC 多能性。本研究表明，LCS 和 BCS 之間的異型交流對于維持腺上皮干細胞的譜系保真度是必不可少的。
【標題】結合 scRNA-Seq 和細胞內蛋白活性揭示 TREM2 在腫瘤中的免疫抑制作用
【平臺】10X5，MARS-seq?2.0，CyTOF??
【期刊】Cell（IF=36.2）
【時間】2020-08-11
【摘要】細胞功能和活性是通過整合信號、表觀遺傳、轉錄和代謝途徑來調節的。本文介紹 INS-SEQ，一種大規模并行記錄單細胞 RNA 序列（scRNA-SEQ) 和細胞內蛋白質活性的集成技術。研究者通過分析免疫信號、轉錄因子組合和代謝活性的不同細胞內信號，展示了 INS-SEQ 在發現新的免疫亞群方面的廣泛用途。腫瘤模型中表達精氨酸酶 1 的細胞的綜合圖譜是抑制活性的代謝免疫標志，發現了新的 Arg1+TREM2+ 調節性髓樣（MREG) 細胞，并確定了與這些細胞相關的標志物、代謝活性和途徑。TREM2 基因消融可抑制腫瘤內 MREG 細胞的積聚，導致功能障礙的 CD8+ T 細胞明顯減少，腫瘤生長減慢。這項研究建立了 INS-SEQ 作為一種廣泛適用的技術，用于闡明整合的轉錄和細胞內圖譜，并鑒定腫瘤中髓系抑制細胞的分子特征。
【標題】單細胞 RNA 測序揭示肺癌治療誘導的進化
【平臺】Smart-seq2
【期刊】Cell（IF=36.2）
【時間】2020-08-20
【摘要】肺癌是癌癥死亡的主要原因，它表現出異質性，這使得適應性成為可能，限制了治療的成功，并且仍然不完全清楚。對 30 例轉移性肺癌患者在靶向治療前和治療期間的 49 例臨床活檢標本進行了單細胞 RNA 序列測定（scRNA-seq)。20,000 多份癌癥和腫瘤微環境（TME) 單細胞圖譜揭示了一個豐富而充滿活力的腫瘤生態系統。癌細胞的 scRNA-seq 比臨床檢測到的基因更能照亮靶向癌基因。作為殘留?。≧D) 在治療中存活的癌細胞表現出肺泡再生細胞信號，提示治療誘導的原始細胞狀態轉變，而那些出現在腫瘤治療進展性疾病（PD) 中的癌細胞上調了犬尿氨酸、纖溶酶原和縫隙連接通路。RD 組 T 淋巴細胞活躍，巨噬細胞減少，PD 表現為免疫抑制細胞狀態。ScRNA-seq 揭示的生物學特征是獨立隊列中臨床結果的生物標志物。這項研究強調了治療誘導的轉移性癌癥多細胞生態系統的適應如何影響臨床結果。
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下表列出 41 篇文獻信息，一起看看有沒有您關注的研究方向，可提供相關原文。
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【標題】粘膜或全身暴露于微生物群影響 B 細胞庫的形成
【平臺】10X?V(D)J
【期刊】Nature（IF=43.1）
【時間】2020-08-05
【摘要】微生物群定植會刺激 B 細胞，誘導免疫球蛋白，但許多菌群定植的哺乳動物擁有高度復雜和個體化的免疫球蛋白庫。研究人員使用簡化的模型，對無菌小鼠中不同微生物群進行瞬時暴露，以探究微生物群如何塑造 B 細胞庫及其功能響應能力。他們通過深度測序跟蹤了 B 細胞群體以及單細胞中免疫球蛋白庫的發展。腸道粘膜上的微生物暴露所產生的寡克隆反應不同于無菌小鼠，并且不同于靜脈注射導致全身性暴露于微生物群后所產生的多樣性。劑量遞增后，IgA 庫（主要識別細胞表面抗原）沒有擴增，而全身性接觸微生物使 IgG 庫增加并可識別微生物細胞質和細胞表面抗原。暴露于微生物主要影響 B 細胞在記憶和漿細胞階段特征性免疫球蛋白重鏈庫的形成。有序地全身性暴露于不同的微生物類群可使 IgG 種類多樣化，并促進了其他特異性反應，而依次暴露于粘膜則產生有限的重疊種類，并且會破壞初始 IgA 結合特異性。這顯示了免疫系統對全身性暴露的靈活反應和避免致命性敗血癥反應，這與暴露于粘膜后產生的受限反應之間形成對比，反映了粘膜中宿主 - 共生微生物的一般性質。
【標題】有袋動物胚胎發生和 X 失活的單細胞轉錄組圖譜
【平臺】Smart-seq2
【期刊】Nature（IF=43.1）
【時間】2020-08-19
【摘要】胚胎的單細胞 RNA 測序可以以前所未有的分辨率解決發育的轉錄環境。迄今為止，關于哺乳動物胚胎單細胞 RNA 測序的研究主要集中在真哺乳亞綱動物。對哺乳動物之外群體的分析有可能發現高度保守的譜系特征和多能性因素，并且可以擴展人們對 X 劑量補償的理解。大約在 1.6 億年前，后哺乳下綱（有袋類）哺乳動物與真獸亞綱哺乳動物分離。它們具有獨特的發育特征，包括晚期著床和印跡 X 染色體失活，這與 XIST 樣非編碼 RNA?RSX3 的表達有關。本文研究者對有袋類動物灰色短尾負鼠（Monodelphis?domestica) 的胚胎發生和 X 染色體失活進行了單細胞 RNA 測序分析。研究人員揭示了表皮細胞、原始內胚層和滋養外胚層的發育軌跡和轉錄特征，并鑒定了真獸亞綱動物 - 有袋動物分離之前深度保守的譜系特異標記。RSX 包被和 X 染色體失活在發育早期快速產生。該研究結果支持以下假說：在具有早期 X 染色體失活的生物中，印跡 X 染色體失活可阻止雙等位基因 X 沉默。研究者發現 XSR 是一種從活性 X 染色體表達的 RSX 反義轉錄本，是印跡 X 染色體失活的候選調控因子。該研究數據集在進化上提供了對哺乳動物胚胎發育和 X 劑量補償的新見解。
【標題】異型細胞 - 細胞通訊調節腺干細胞的多能性
【平臺】Smart-seq2
【期刊】Nature（IF=43.1）
【時間】2020-08-26
【摘要】腺上皮包括乳腺和前列腺，由基底細胞（BCs) 和腔細胞（LCs) 組成。許多腺上皮細胞是由多能基底干細胞（BSCs) 發育而來的，成年后這些細胞會被不同的單能干細胞所取代。然而，成體單能骨髓干細胞在再生條件下和癌基因表達時可以重新激活多能性。這表明，在正常生理條件下，一種活躍的機制限制了 BSC 的多能性，盡管這種機制的性質尚不清楚。本文研究者表明 LCS 的消融可以在小鼠體內和體外在器官中重新激活來自多個上皮細胞的 BSCs 的多能性。Bulk 和單細胞 RNA 測序顯示在 LC 消融后，BSCs 在產生 LCs 之前激活了一個混合的基底和腔細胞分化程序，這讓人想起在胚胎發育過程中調節多能性的遺傳程序。通過從單細胞數據預測配體 - 受體對，研究者發現 LCS 分泌的 TNF- 在正常生理條件下限制了 BC 的多能性。相反，LC 消融后，Notch、Wnt 和 EGFR 通路在 BSCs 及其子代中被激活，阻斷這些通路或刺激 TNF 通路可抑制再生誘導的 BC 多能性。本研究表明，LCS 和 BCS 之間的異型交流對于維持腺上皮干細胞的譜系保真度是必不可少的。
【標題】結合 scRNA-Seq 和細胞內蛋白活性揭示 TREM2 在腫瘤中的免疫抑制作用
【平臺】10X5，MARS-seq?2.0，CyTOF??
【期刊】Cell（IF=36.2）
【時間】2020-08-11
【摘要】細胞功能和活性是通過整合信號、表觀遺傳、轉錄和代謝途徑來調節的。本文介紹 INS-SEQ，一種大規模并行記錄單細胞 RNA 序列（scRNA-SEQ) 和細胞內蛋白質活性的集成技術。研究者通過分析免疫信號、轉錄因子組合和代謝活性的不同細胞內信號，展示了 INS-SEQ 在發現新的免疫亞群方面的廣泛用途。腫瘤模型中表達精氨酸酶 1 的細胞的綜合圖譜是抑制活性的代謝免疫標志，發現了新的 Arg1+TREM2+ 調節性髓樣（MREG) 細胞，并確定了與這些細胞相關的標志物、代謝活性和途徑。TREM2 基因消融可抑制腫瘤內 MREG 細胞的積聚，導致功能障礙的 CD8+ T 細胞明顯減少，腫瘤生長減慢。這項研究建立了 INS-SEQ 作為一種廣泛適用的技術，用于闡明整合的轉錄和細胞內圖譜，并鑒定腫瘤中髓系抑制細胞的分子特征。
【標題】單細胞 RNA 測序揭示肺癌治療誘導的進化
【平臺】Smart-seq2
【期刊】Cell（IF=36.2）
【時間】2020-08-20
【摘要】肺癌是癌癥死亡的主要原因，它表現出異質性，這使得適應性成為可能，限制了治療的成功，并且仍然不完全清楚。對 30 例轉移性肺癌患者在靶向治療前和治療期間的 49 例臨床活檢標本進行了單細胞 RNA 序列測定（scRNA-seq)。20,000 多份癌癥和腫瘤微環境（TME) 單細胞圖譜揭示了一個豐富而充滿活力的腫瘤生態系統。癌細胞的 scRNA-seq 比臨床檢測到的基因更能照亮靶向癌基因。作為殘留?。≧D) 在治療中存活的癌細胞表現出肺泡再生細胞信號，提示治療誘導的原始細胞狀態轉變，而那些出現在腫瘤治療進展性疾病（PD) 中的癌細胞上調了犬尿氨酸、纖溶酶原和縫隙連接通路。RD 組 T 淋巴細胞活躍，巨噬細胞減少，PD 表現為免疫抑制細胞狀態。ScRNA-seq 揭示的生物學特征是獨立隊列中臨床結果的生物標志物。這項研究強調了治療誘導的轉移性癌癥多細胞生態系統的適應如何影響臨床結果。
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