標題：Epigenomic analysis of Parkinson's disease neurons identifies Tet2 loss as neuroprotective

帕金森病變神經(jīng)元的表觀基因組學分析發(fā)現(xiàn) Tet2 缺失具有神經(jīng)保護作用

摘要：

帕金森（PD）的發(fā)病機制可能涉及某些修飾神經(jīng)元功能的增強子的表觀遺傳調(diào)控。在這里，作者全面檢查了 PD 患者和對照組個體神經(jīng)元中全基因組增強子的 DNA 甲基化。作者發(fā)現(xiàn)在 PD 神經(jīng)元的增強子上廣泛存在胞嘧啶修飾，部分原因是由于羥甲基化水平升高。其中，TET2 是體內(nèi)發(fā)生胞嘧啶修飾的主要調(diào)節(jié)因子，PD 患者存在 TET2 的表觀修飾和轉(zhuǎn)錄上調(diào)。而神經(jīng)元細胞模型中的 TET2 缺失能夠?qū)е掳奏ば揎椀母淖儯c PD 神經(jīng)元中觀察到的結(jié)果相反。此外，小鼠中的 Tet2 失活可完全抑制由先前炎癥引起的黑色素多巴胺能神經(jīng)元丟失。同時，Tet2 缺失也減弱了對炎癥觸發(fā)的轉(zhuǎn)錄免疫反應。因此，PD 神經(jīng)元中廣泛失調(diào)的增強子的表觀修飾可能有部分是由 TET2 表達上調(diào)介導的。Tet2 活性的降低在體內(nèi)具有神經(jīng)保護作用，并且可能是 PD 的新治療靶標。

標題：Transcription and DNA Methylation patterns of blood derived CD8 + T cells are associated with age and Inflammatory Bowel Disease but do not predict prognosis

血液中 CD8 + T 細胞的轉(zhuǎn)錄和 DNA 甲基化模式與患者年齡和炎癥性腸病有關(guān)

摘要：

據(jù)報道，CD8 + T 細胞的基因表達模式與炎癥性腸病（IBD）成年患者的臨床結(jié)局相關(guān)。作者從 112 例新診斷為 IBD 的兒童（71 例患有克羅恩病，41 例患有潰瘍性結(jié)腸炎）和 19 例無 IBD 的兒童（對照組）中獲取了外周血樣本，并記錄了疾病活動和預后的醫(yī)學信息。作者通過磁珠分選從血液樣本中分離出 CD8 + T 細胞，使用 Affymetrix 和 850K 芯片分別檢測全基因組轉(zhuǎn)錄（n = 192）和 DNA 甲基化（n = 66）數(shù)據(jù)，并整合了三組 IBD 成年患者和對照人群 CD8 + T 細胞的轉(zhuǎn)錄組和 DNA 甲基化組公開數(shù)據(jù)。先前的報道發(fā)現(xiàn)，僅在 zuì 初的成人 IBD 隊列中存在 CD8 + T 細胞的預后表達和疲憊特征，然而在兒童或第二個成人 IBD 隊列中都無法檢測到這些特征。此外，在三個隊列中都能檢測到 CD8 + T 細胞基因表達與年齡和性別之間存在關(guān)聯(lián)。在包括非 IBD 對照的兩個隊列中，CD8 + 基因轉(zhuǎn)錄與 IBD 顯著相關(guān)。作者發(fā)現(xiàn)，患有克羅恩氏病的兒童的 CD8 + T 細胞的 DNA 甲基化特征與年齡相關(guān)，但與臨床結(jié)局無關(guān)。作者的研究為 IBD 患者開發(fā)預后生物標志物提供了方向。

標題：Analysis of Ugandan cervical carcinomas identifies human papillomavirus clade-specific epigenome and transcriptome landscapes

烏干達地區(qū)子宮頸癌的分析確定了人類乳頭瘤病毒進化枝特異性的表觀基因組和轉(zhuǎn)錄組圖譜

摘要：

宮頸癌是影響撒哈拉以南非洲婦女的常見癌癥，在 HIV 陽性（HIV +）個體中普遍存在。迄今為止，尚未對該人群進行癌癥基因組，轉(zhuǎn)錄組或表觀基因組的全面分析。作者鑒定了來自烏干達地區(qū) 118 例患者的腫瘤，其中 72 例為 HIV +，并對另外 89 例腫瘤進行了突變分析。作者檢測到人類乳頭瘤病毒（HPV）進化枝特異性腫瘤的 DNA 甲基化，啟動子和增強子相關(guān)的組蛋白標記以及基因表達和通路失調(diào)。HPV 整合后發(fā)生的組蛋白修飾的變化與臨近基因和內(nèi)源性逆轉(zhuǎn)錄病毒的上調(diào)有關(guān)。

標題：The methylomic landscape of fallopian tube lesions associated with ovarian high-grade serous carcinoma

與卵巢高級漿液性癌相關(guān)的輸卵管病變的甲基化圖譜

摘要：

目前在高級別漿液性卵巢癌（HGSC）的患者中，大多數(shù) HGSC 源自輸卵管的前體漿液性輸卵管上皮內(nèi)癌（STIC）病變。作者調(diào)查了 HGSC 前體病變中的全基因組甲基化，以鑒定表現(xiàn)出高特異性的差異性高甲基化的基因組區(qū)域，作為治愈性干預可能存在的 STIC 和 HGSC 的生物標記。作者首先確定了質(zhì)量控制標準，以便使用 850K 芯片對輸卵管前體病變組織進行甲基組學分析。然后，作者使用該平臺比較了 12 個 STIC 與配對的正常上皮，一個 p53 標記性病變和 2 個同時發(fā)生的 HGSC 樣本之間的全基因組甲基化。通過無監(jiān)督的層次聚類和多維分析來分析所得的甲基化數(shù)據(jù)。使用選擇性生物信息學標準鑒定了高可信度 STIC 特異性的差異性高甲基化區(qū)域，并將其與來自 23 種 HGSC 腫瘤和 11 種健康輸卵管粘膜的甲基化 EPIC 數(shù)據(jù)進行了比較。無監(jiān)督的分析表明，STICs 與 HGSCs 大量聚集，但與正常的輸卵管上皮明顯不同。42 個基因組區(qū)域顯示出高可信度的 STIC 特異性差異甲基化，其中 17 個（40.5%）與 HGSC 特異性差異甲基化區(qū)域直接重疊。在相同位點處的甲基化能夠?qū)?STIC 和 HGSC 樣品與正常和相鄰正常樣品完全區(qū)分開。結(jié)果表明，大多數(shù) STIC 在表觀遺傳學上與 HGSC 相似，并且具有相同的差異性高甲基化區(qū)域，因此有必要進一步評估其是否可以用作早期檢測卵巢 HGSC 的生物標記物。

標題：Regulation of Leaf Longevity by DML3-Mediated DNA Demethylation  

DML3 介導的 DNA 去甲基化對葉片壽命的調(diào)節(jié)

摘要：

葉片衰老是由衰老相關(guān)基因（SAG）的表達驅(qū)動的。發(fā)育特異性基因通常在其啟動子和其他區(qū)域發(fā)生 DNA 去甲基化作用，從而調(diào)節(jié)基因表達。DNA 去甲基化是否以及如何調(diào)節(jié) SAGs 的表達，從而調(diào)節(jié)葉片的衰老的機制仍然不清楚。對野生型（WT）和 demeter-like 3（dml3）擬南芥葉片在三個發(fā)育階段的全基因組亞硫酸氫鹽測序（WGBS）分析顯示，與 WT 相比，dml3 葉片衰老過程中的甲基化程度高，并且有 20556 個差異甲基化區(qū)域（DMRs）。此外，作者確定了 335 個 DMR 相關(guān)基因（DMG）（例如 NAC016 和 SEN1）在葉片衰老過程中被上調(diào)，并發(fā)現(xiàn) WT 中 DNA 甲基化水平（特別是在啟動子區(qū)域）與相關(guān) SAG 的轉(zhuǎn)錄本豐度呈負相關(guān)。相反，在 dml3 中，SAG 的啟動子被高度甲基化，其轉(zhuǎn)錄水平顯著降低，并且葉片衰老被顯著延遲。作者的研究揭示了一種新的表觀遺傳調(diào)控機制，該機制涉及葉片衰老，其中 DML3 在衰老開始時和衰老過程中表達，通過使啟動子，基因體或 3'UTR 區(qū)去甲基化以激活 SAG 的表達，使葉片衰老明顯延遲。

標題：Arabidopsis shoot stem cells display dynamic transcription and DNA methylation patterns 

擬南芥干細胞的動態(tài)轉(zhuǎn)錄和 DNA 甲基化模式

摘要：

在植物中，氣生器官起源于莖尖分生組織中心的干細胞。下表皮干細胞的后代是生殖細胞的祖細胞，產(chǎn)生雄配子和雌配子。在這些細胞中，必須避免突變，包括轉(zhuǎn)座因子或病毒的插入，以保持世代間的基因組完整性。為了研究擬南芥中干細胞的分子特性，作者分離了它們的細胞核，并分析了不同年齡植物中階段特異性基因表達和 DNA 甲基化。干細胞表達特征在很大程度上取決于發(fā)育階段，但包括一組核心的干細胞特異性基因，其中包括與表觀遺傳沉默有關(guān)的基因。在開花轉(zhuǎn)變之前，分生組織中轉(zhuǎn)座因子的瞬時增加與發(fā)育過程中 CHG 甲基化增加和干細胞進入生殖譜系之前的 CHH 甲基化降低有關(guān)。這些結(jié)果表明表觀遺傳重編程可能在該譜系的早期發(fā)生，并可能在種系發(fā)育過程中對干細胞的基因組保護做出貢獻。