轉眼 5 月就要過去啦，小編在這里為大家精心上收集了以 DNA 甲基化研究為主題的研究成果，截止現在，5 月 以 DNA methylation 為關鍵詞檢索到的文獻一共有 353 篇 ，小編在這里為大家精心挑選一下 7 篇 作為重點分享，包括 EWAS、腫瘤標志物研究、環境污染對 DNA 甲基化的影響 以及一些容易模仿的純分析文章等。在 文末附表中列出更多 DNA 甲基化研究的文獻和高分綜述的研究方向、登刊時間、技術平臺和摘要 等信息，讓您不用再費時費力搜索，就能輕松獲取 5 月新的 DNA 甲基化研究成果和動態，平均 IF>8。

酒精使用障礙疾病的 EWAS 研究發現與糖皮質激素信號通路相關

摘要：酒精使用障礙（AUD) 是一種慢性衰弱性疾病，治療方法有限，病理生理學定義不清。目前造成 AUD 背后的機制仍不清楚。作者基于 850K 芯片對全血樣本進行了目前規模大的 EWAS 研究（發現集 625，驗證集 4798），目的是識別與 AUD 相關的新表觀基因組靶點。結果顯示糖皮質激素信號和炎癥相關基因中差異甲基化區域的網絡與飲酒行為有關。一個在所有隊列中結果都一致的探針位于 GAS5（lncRNA）。GAS5 參與調節糖皮質激素受體的轉錄活性，并具有多種與細胞凋亡、免疫功能和各種癌癥相關的功能。利用外周皮質醇水平和神經成像范式進行的內表型分析表明，GAS5 網絡相關探針的甲基化變異與應激表型有關。死后的大腦分析記錄了 AUD 患者扁桃體中 GAS5 表達的增加。研究數據表明，酒精的使用與糖皮質激素系統中不同基因的甲基化有關，這可能會影響應激和炎癥反應，進而增加 AUD 的風險。

標題：Epigenome-Wide Association Study of DNA Methylation and  Adult Asthma in the Agricultural Lung Health Study

成人哮喘的 EWAS 研究

摘要：目前對成年人哮喘的研究很少。作者對成人全血中的 DNA 甲基化與非特應性和特應性哮喘的關系進行了大的 EWAS 研究。作者使用 850K 芯片對 2286 名參與者的全血樣本進行 DNA 甲基化檢測。以血清特異性免疫球蛋白 e 作為特異反應性的標準，將受試者分為無哮喘（n=185)、非特異反應性哮喘（n=673)、特異反應性哮喘（n=271) 或既無特異反應性又無哮喘（n=1157) 的參照組。結果顯示沒有與無哮喘的特異反應相關的甲基化位點。許多差異甲基化位點與非特應性哮喘相關、特應性哮喘相關，涉及很多新基因。也有部分 CpG 位點在全血、嗜酸性粒細胞、氣道上皮或鼻腔上皮的研究中出現過。涉及到的基因在與神經系統或炎癥相關的通路中富集。作者在非特應性哮喘和特應性哮喘中鑒定出大量不同的甲基化 CpG 位點。

標題：Genome-wide DNA Methylation Analysis Reveals Significant Impact of Long-Term Ambient Air Pollution Exposure on Biological Functions Related to Mitochondria and Immune Response

通過全基因組 DNA 甲基化分析顯示長期暴露于環境空氣污染對線粒體和免疫反應相關的生物功能有顯著影響

標題：Evaluating the Impact of Trauma and PTSD on Epigenetic Prediction  of Lifespan and Neural Integrity

評估創傷和創傷后應激障礙對表觀遺傳壽命和神經完整性預測的影響

摘要：創傷后應激障礙（PTSD) 是一種使人衰弱的疾病，在一些人遭受創傷后出現。創傷和 PTSD 與細胞老化加速有關。這項研究評估了創傷和 PTSD 對遭受過創傷人的 GrimAge 的影響，GrimAge 是一種預測壽命表觀遺傳因子。這項研究包括 218 名目前患有創傷后精神緊張性精神障礙的患者，427 名沒有任何創傷后精神障礙病史的創傷暴露對照者，以及 209 名有終生創傷后精神障礙病史但未被歸類為目前的創傷后精神障礙病例的受試者。使用 450K 芯片對全血樣本進行 DNA 甲基化檢測。對 69 例女性受試者的皮質厚度進行評估。用多元回歸模型測試創傷暴露、創傷后應激障礙、皮質厚度和 GrimAge 加速之間的關系。研究結果表明，終生創傷負荷、當前創傷后應激障礙和終生創傷后應激障礙與 GrimAge 加速度相關，提示預測壽命較短。終生創傷和創傷后應激障礙可能導致表觀遺傳學基礎上更高的死亡風險，也證實了 PTSD 相關腦區的皮質萎縮與預期壽命縮短之間的關系。

標題：Structural Basis for Impairment of DNA Methylation by the DNMT3A R882H Mutation

DNMT3A R882H 突變損害 DNA 甲基化的結構基礎

時間：2020/5/8

期刊：Nat Commun 11.878

摘要：DNA 甲基轉移酶 DNMT3A 在哺乳動物 DNA 甲基化過程中起關鍵作用。R882H DNMT3A 是急性髓系白血病（AML) 的一個熱點突變，引起異常的 DNA 甲基化。然而，這種突變如何影響 DNMT3A 的結構和功能仍不清楚。在這里，作者報告了野生型和 r882h 突變的 DNMT3A 在不同序列背景的 DNA 底物復合物中的結構特征。來自目標識別域的循環（TRD 循環）以 + 1 側翼位點依賴的方式識別 CpG 二核苷酸。R882H 突變減少了同二聚體界面的 DNA 結合，減少了同二聚體界面與 TRD 環之間的分子鏈，增強了 TRD 環的動力學。體外甲基化分析一致表明，R882H 突變損害了 DNMT3A 的酶活性、CpG 特異性和側壁序列偏好。綜上所述，本研究揭示了 AML 中 R882H 突變引起的 DNMT3A 的多重缺陷。

標題：A Novel CpG-methylation-based Nomogram Predicts Survival in  Colorectal Cancer

基于 CpG 位點甲基化的諾莫圖預測結腸直腸癌的存活率

摘要：異常的 DNA 甲基化與結直腸癌（CRC) 患者的預后顯著相關。本研究的目的是開發一個基于 CpG 位點甲基化的諾模圖用于 CRC 患者的生存時間預測。首先，將 TCGA 有甲基化數據的 378 例 CRC 患者隨機分為訓練集（n = 249) 和測試集（n = 129)。采用多重篩選策略，確定 6 個候選 CpG 位點，這些位點與訓練隊列的總生存率顯著相關。隨后，進行 Cox 回歸建模，以構建基于候選 CpG 位點的預后信號。6 個 CpG 位點成功地將患者分為高危組和低危組。此外，將 TNM 階段和年齡納入諾莫圖。與訓練集中的三個獨立預后因子相比，諾莫圖顯示出更好的總體生存率預測。在測試集中，諾莫圖的表現也優于三個獨立預后因素。同時，在訓練和測試隊列中，生存概率的校準曲線顯示諾莫圖預測與實際觀測之間有很好的一致性。綜上所述，本研究提供了一種基于 CpG 位點甲基化值的諾模圖，有望預測 CRC 患者的總體生存，這可能有助于改善 CRC 患者的個性化治療決策。

標題：The DNA Methylation Landscape of Human Cancer Organoids Available at the American Type Culture Collection

人類癌癥類器官的甲基化圖譜

摘要：對于實體瘤的研究，用稱為類器官的 3D 培養細胞能夠更好的反映原始腫瘤特征，對于研究腫瘤細胞之間通訊、實體瘤結構形成、腫瘤細胞表觀遺傳學變化以及細胞遷移侵襲等特征更具優勢。但是每個實驗室可能有不同的樣本來源、用自己的培養方法來建立這些 3D 腫瘤模型，這可能導致實驗結果在不同實驗室之間難以重復、妨礙了所獲得數據的進一步驗證和引用。為了解決這個問題，人類癌癥模型倡議組織（Human Cancer Models Initiative，HCMI，其中包括美國國家癌癥研究所（NCI），英國癌癥研究（CRUK），惠康桑格研究所（WSI）等）選擇了美國 ATCC 標準培養物資源庫為科學界提供類器官模型（https://www.lgcstandards-atcc.org/hcmi）。但是，目前還沒有這些樣品的表觀遺傳學信息，人類癌癥類器官的 DNA 甲基化譜圖在很大程度上是未知的。來自 Josep Carreras 白血病研究所（IJC）主任 Manel Esteller 博士領導的一個研究小組剛剛在《Epigenetics》期刊上發文介紹了對 ATCC 提供的 25 種人類癌癥類器官 3D 模型的表觀遺傳分析。

研究人員 850K 芯片對 ATCC 提供的 25 種人類癌癥類器官進行 DNA 甲基化狀態做圖景分析。結果發現所研究的類器官能更好地保留原發組織的表觀遺傳背景，更接近相應原發腫瘤的 DNA 甲基化分布。目前完整的 DNA 甲基化數據可在 GEO 儲存庫中可免費獲得，登錄號為 GSE144213：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE144213。