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伯豪生物
【表觀遺傳聯合轉錄測序】加油開學季 | 表觀遺傳聯合轉錄測序大聚惠
發布時間:2019-04-16 瀏覽次數:8658
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850K 甲基化芯片檢測 &mRNA 測序服務

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伯豪生物甲基化芯片檢測服務優勢

√? 質優價廉: 伯豪生物擁有多年的甲基化芯片服務經驗,服務客戶曾發表多篇 IF>10 文章,包括 JCO, Nature Communications, Cell Stem Cell 等。

√ 強大的數據分析團 :伯豪生物擁有一支具有豐富生物信息分析經驗的工程師隊伍,人才梯隊配置合理,項目負責人具有大項目分析經驗(EWAS 項目,Hongsong?Yu,?et?al.?2019),能完成各類高難度高級分析。

√? 超快的分析周期:? 芯片上機結束,拿到數據后,2 個工作日即可完成基礎分析。

√? 極低的樣本起始:?10 年的 FFPE 樣本處理經驗,特殊樣本總量低至 250ng,? 仍可提供完美的解決方案。


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伯豪 mRNA 測序服務優勢

√? 樣本處理: 超過 200 種樣本的 RNA 抽提經驗;易降解樣本、微量樣本的抽提解決方案;

√? 文庫構建: 低至 200ng 起始的建庫能力,另有單細胞(微量)測序解決方案;

√? 質控管理:ISO9001 認證,Illumina?CSPro 認證;

√? 數據分析: 學術界權威的算法和流程;全面的分析內容;靈活的定制分析;

√? 項目成果: 協助客戶發表 116 篇論文,平均 IF>5。


聯合分析展示

1、熱圖形式展示關聯結果


圖 1 ? 結合各樣本的基因表達數據和 CG/CHG/CHH 層面的甲基化數據,進行關聯展示,可以直接看出甲基化與基因表達之間的關系。

Kawakatsu?T?,?Stuart?T?,?Valdes?M?,?et?al.?Unique?cell-type-specific?patterns?of?DNA?methylation?in?the?root?meristem[J].?Nature?Plants,?2016,?2(5):16058.


2、 散點圖形式展示關聯結果


圖 ?2?? 甲基化與表達的關聯分析。橫坐標為組間樣本同一位點的均值△β。縱坐標代表基因 FPKM 的倍數差異(可以取 log2)。


3、樣本內所有基因的甲基化與表達的關聯結果展示


圖 ?3? 樣本(或組內)所有基因的甲基化與表達的相關性。橫坐標代表基因 FPKM 的倍數差異(可以取 log2(FPKM+1))。縱坐標為基因啟動子區的甲基化程度均值。


4、特定基因對應不同類型樣本間 RNA 與甲基化的關聯展示


圖 ?4?? 不同組的各樣本 CTRC 基因的啟動子區甲基化與 RNA 表達的關聯分析。橫坐標為各樣本的基因啟動子區的甲基化程度均值。縱坐標代表以 FPKM 代表基因的表達量。

Anonymous?(2017)?Comprehensive?and?Integrative?Genomic?Characterization?of?Hepatocellular?Carcinoma.?(Translated?from?eng)?Cell?169(7):1327-1341?e1323?(in?eng).


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