培訓(xùn)時(shí)間：2024 年 7 月 10-17 日
培訓(xùn)地點(diǎn)：5206 會(huì)議室
培訓(xùn)人員：全體科研工作者
培訓(xùn)內(nèi)容：2024 伯豪時(shí)空組學(xué)前沿技術(shù)系列培訓(xùn)班
主辦單位：上海伯豪生物技術(shù)有限公司 / 上海伯豪生物技術(shù)有限公司企業(yè)科協(xié)
指導(dǎo)單位：浦東新區(qū)科協(xié)
議程表
7 月 10 日 | 單細(xì)胞、空轉(zhuǎn)、質(zhì)控技術(shù)介紹 | 單細(xì)胞技術(shù)、空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)講解和應(yīng)用 |
Agilent2100、4200 的原理及上機(jī)演示 | ||
7 月 11 日 | R 語(yǔ)言概念及基礎(chǔ)知識(shí)·數(shù)據(jù)簡(jiǎn)單操作 | R,Rstudio 安裝，R 基礎(chǔ)，R 包安裝 |
7 月 12 日 | 單細(xì)胞基礎(chǔ)分析 | 單細(xì)胞 Seurat 分析流程（Seurat 介紹和安裝，單細(xì)胞數(shù)據(jù)載入和質(zhì)控過(guò)濾，數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化和歸一化，去批次和降維聚類(lèi)，marker 基因鑒定） |
細(xì)胞類(lèi)型注釋 | singleR 細(xì)胞類(lèi)型注釋?zhuān)琒CINA 半監(jiān)督細(xì)胞類(lèi)型注釋 | |
7 月 13 日 | 數(shù)據(jù)可視化 | Seurat 中的數(shù)據(jù)可視化，基于 Seurat 對(duì)象使用 ShinyCell 自動(dòng)化生成網(wǎng)頁(yè)報(bào)告 Spatialfeatureplot、SpatialDimPlot、選取特定樣本 |
7 月 14 日 | 單細(xì)胞高級(jí)分析 | monocle2 擬時(shí)序分析，cellchat 細(xì)胞通訊分析 |
SCENIC 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄因子分析，GSVA 基因集變異分析 | ||
7 月 15 日 | 空間轉(zhuǎn)錄組基礎(chǔ)分析 | 數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化和歸一化，數(shù)據(jù)批次矯正和降維聚類(lèi) |
7 月 16 日 | 云生信 | 單組胞云流程（使用、注意事項(xiàng)、參數(shù)調(diào)整等） 生信小工具（作圖工具、單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析小工具） |
7 月 17 日 | 空轉(zhuǎn)高級(jí)分析 | 空間轉(zhuǎn)錄組細(xì)胞類(lèi)型映射：RCTD，CELLTREK，MIA |
切片上展示細(xì)胞互作 -stlearn | ||
空間 CNV 分析 -siCNV | ||
hdwgcna: 空間轉(zhuǎn)錄組 WGCNA 分析 | ||
腫瘤免疫浸潤(rùn)分析：xcell&cibersort |
培訓(xùn)講師介紹
侯睿
伯豪生物 CTO
中國(guó)醫(yī)藥生物技術(shù)協(xié)會(huì)基因檢測(cè)分會(huì)青年委員。畢業(yè)于中國(guó)海洋大學(xué)遺傳學(xué)專(zhuān)業(yè)，曾參與多項(xiàng)國(guó)家“863”計(jì)劃項(xiàng)目和國(guó)家自然科學(xué)基金項(xiàng)目，發(fā)表 SCI 論文 8 篇。在基因組學(xué)、生物信息學(xué)領(lǐng)域經(jīng)過(guò) 10 多年的專(zhuān)業(yè)積累，精通高二代測(cè)序和基因芯片技術(shù)的應(yīng)用及數(shù)據(jù)分析，具有豐富項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn)。
張志鵬
博士 伯豪生物項(xiàng)目拓展經(jīng)理
參與 CRISPR 診斷相關(guān)課題設(shè)計(jì)及專(zhuān)利申請(qǐng) 10 余項(xiàng)，具有 IVD 和 LDT 產(chǎn)品開(kāi)發(fā)及市場(chǎng)策劃經(jīng)驗(yàn)；擅長(zhǎng)單細(xì)胞多組學(xué)和空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)分析挖掘；參與發(fā)表 SCI 論文 6 篇（其中第一作者 2 篇）。
趙瑩
上海伯豪生物技術(shù)有限公司實(shí)驗(yàn)室總監(jiān)
畢業(yè)于清華大學(xué)，曾參與多項(xiàng)國(guó)家“863”計(jì)劃項(xiàng)目和國(guó)家自然科學(xué)基金項(xiàng)目，發(fā)表論文 3 篇，授權(quán)發(fā)明專(zhuān)利 4 項(xiàng)。在基因組學(xué)、細(xì)胞生物學(xué)等領(lǐng)域有 10 年的專(zhuān)業(yè)積累，對(duì)樣本處理、二代測(cè)序、時(shí)空組學(xué)技術(shù)等生物學(xué)技術(shù)有著豐富的項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn)。
孟憲欣
高級(jí)工程師 上海伯豪生物技術(shù)有限公司產(chǎn)品中心副總經(jīng)理
畢業(yè)于遼寧師范大學(xué)，曾參加多項(xiàng)國(guó)家科技部“863”項(xiàng)目、國(guó)家自然科學(xué)基金項(xiàng)目和上海市科委項(xiàng)目，發(fā)表論文 8 篇，發(fā)明專(zhuān)利 1 項(xiàng)。在科技產(chǎn)品研發(fā)上有豐富的經(jīng)驗(yàn)，帶領(lǐng)團(tuán)隊(duì)開(kāi)發(fā)了 20 余種產(chǎn)品，涉及樣本保存、提取，外泌體分離，單細(xì)胞核分離，微量樣本擴(kuò)增，甲基化檢測(cè)等方面。
車(chē)王
伯豪生物產(chǎn)品經(jīng)理
畢業(yè)于日本廣島大學(xué)分子細(xì)胞情報(bào)學(xué)專(zhuān)業(yè)。對(duì)于研究分子，細(xì)胞相關(guān)的各類(lèi)儀器和技術(shù)方法都有深入的了解。目前于伯豪生物擔(dān)任單細(xì)胞測(cè)序相關(guān)儀器試劑的產(chǎn)品經(jīng)理一職。
王亮
伯豪生物產(chǎn)品線總監(jiān)
畢業(yè)于華中農(nóng)業(yè)大學(xué)，曾參與多項(xiàng)國(guó)家“863”計(jì)劃項(xiàng)目和國(guó)家自然科學(xué)基金項(xiàng)目，發(fā)表論文 3 篇，其中包括參與瑞金醫(yī)院的研究項(xiàng)目，成果發(fā)表在 brain（IF>11）上，楊樹(shù)空間轉(zhuǎn)錄組研究項(xiàng)目，成果發(fā)表在 Molecular Plant（IF=27.5）。在基因組學(xué)、生物信息學(xué)領(lǐng)域經(jīng)過(guò) 7 年的專(zhuān)業(yè)積累，精通高二代測(cè)序和基因芯片技術(shù)的應(yīng)用及數(shù)據(jù)分析，在非編碼 RNA 的功能、單細(xì)胞測(cè)序、空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)大數(shù)據(jù)挖掘等方向有豐富的項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn)。
董美辰
上海伯豪產(chǎn)品經(jīng)理
主要負(fù)責(zé) Olink 蛋白組學(xué)以及空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)相關(guān)技術(shù)的應(yīng)用與支持工作。曾參與多項(xiàng)國(guó)家自然科學(xué)基金項(xiàng)目，具有豐富的實(shí)驗(yàn)端經(jīng)驗(yàn)及多項(xiàng)研究的數(shù)據(jù)分析經(jīng)驗(yàn)，擅長(zhǎng)單組學(xué)及多組學(xué)聯(lián)合應(yīng)用方向的數(shù)據(jù)挖掘與方案設(shè)計(jì)。
張玉娟
伯豪生物產(chǎn)品經(jīng)理
畢業(yè)于華中農(nóng)業(yè)大學(xué)，從事基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)相關(guān)研究，曾參與多項(xiàng)國(guó)家自然科學(xué)基金項(xiàng)目，熟悉基礎(chǔ)科研熱點(diǎn)，具有豐富的 SCI 思路設(shè)計(jì)及數(shù)據(jù)分析經(jīng)驗(yàn)。擅長(zhǎng)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組及多組學(xué)聯(lián)合應(yīng)用方向的方案設(shè)計(jì)與數(shù)據(jù)挖掘。
李寧
伯豪生物產(chǎn)品經(jīng)理
畢業(yè)于同濟(jì)大學(xué)，在基因組測(cè)序、基因芯片領(lǐng)域 8 年多的積累，精通二代測(cè)序和基因芯片技術(shù)的應(yīng)用及分析，協(xié)助客戶進(jìn)行方案設(shè)計(jì)與數(shù)據(jù)分析，腫瘤、遺傳病等相關(guān)項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn)豐富。
王 昭
上海伯豪生物技術(shù)有限公司技術(shù)支持經(jīng)理
東北農(nóng)業(yè)大學(xué)細(xì)胞生物學(xué)專(zhuān)業(yè)，曾任職復(fù)旦大學(xué)附屬中山醫(yī)院；主要負(fù)責(zé)課題：肝癌的靶向治療；放療聯(lián)合免疫治療對(duì)肝癌的治療效果評(píng)價(jià)，熟練掌握各種基礎(chǔ)研究手段。參與國(guó)家“863”項(xiàng)目：“動(dòng)物轉(zhuǎn)基因刪除技術(shù)與育種應(yīng)用研究”，參與國(guó)家“863”項(xiàng)目子課題：“轉(zhuǎn)錄因子介入的轉(zhuǎn)基因克隆動(dòng)物研究”，參與完成國(guó)家自然科學(xué)基金，發(fā)表多篇 sci 論文，累計(jì)影響因子 IF>30，具備基礎(chǔ)的研發(fā)能力及技術(shù)手段。
