Q:circRNA 芯片實驗的起始量是多少?
A:
Q:circRNA 芯片是如何做到能有效檢測 circRNA 而非其母基因的?
A:circRNA 芯片主要基于 circBase 數據庫,我們在設計的時候針對 circRNA 的反向剪切位點進行探針設計,保證每個探針能特異性能檢測 circRNA,從而避免與母基因之間的冗余影響。
Q:circRNA 芯片適用于哪些物種?
A:目前我們有三款 SBC circRNA 芯片,可以用于檢測人、小鼠和大鼠的 circRNA 表達情況。
Q:circRNA 芯片的 circRNA 信息來源于哪些數據庫?
A:SBCcircRNA 芯片的 circRNA 信息主要來源于 circBase 數據庫,其中小鼠 circRNA 芯片包含了部分 SBC 測序來源的 circRNA,豐富了小鼠 circRNA 芯片的 circRNA 信息。
Q:伯豪客戶利用 circRNA 芯片發表了哪些文章?
A:伯豪做 circRNA 芯片的客戶相對較少,一般會選擇 ceRNA 芯片,因為 ceRNA 芯片除包含了 circRNA 芯片里面所有的信息外,還包含了 lncRNA 的信息,因此一般客戶相對來說會選擇信價比更高的 ceRNA 芯片。利用 circRNA 芯片發表的文章詳見附件 【查看 】。
Q:circRNA 定量驗證時,引物設計基于哪段序列?
A:由于 circRNA 特殊的環化結構,且與母基因具有相同的序列信息,在設計 RT-qPCR 引物時,我們建議將上下游引物設計在反向剪切位點的兩側,且產物應包含反向剪切位點,如此能夠有效檢測 circRNA 的表達量,避免 circRNA 母基因的冗余影響。具體詳見附件 【查看】。
Q:有哪些數據庫可用于查詢 circRNA 信息?
A:有很多在線數據庫可供參考,具體可以分為兩大類:信息查詢數據庫和功能研究數據庫。
(1)信息查詢數據庫:circBase、CIRCpedia;
(2)功能研究數據庫,可進行 ceRNA 分析,蛋白編碼預測,RNA 結合蛋白預測等:circRNADb、starBase、deepBase、circ2Traits、circNet、Circular RNA Interactome。
Q:circRNA 有哪些研究方向?
A:circRNA 研究可分為 biomarker 研究和分子機制研究兩個不同的方向。
由于 circRNA 表達穩定、不易降解 、具有組織特異性、疾病特異性等特點,且血液中有豐富的表達, 因此使得 circRNA 成為理想的 Biomarker。
circRNA 分子機制的研究與 lncRNA 類似, circRNA 可作為 miRNA 的海綿吸附體影響 miRNA 對其下游靶基因的表達調控;circRNA 調控母基因的轉錄等生物學功能。此外,circRNA 翻譯成蛋白進而調控細胞功能也是一個新的方向。
Q:如何預測 circRNA 的生物學功能?
A:circRNA 的研究尚處于初級階段,很多功能還有待于進一步研究,目前對 circRNA 功能的預測主要有兩種方法:
(1)通過對 circRNA 母基因的功能分析來推測 circRNA 的功能,該功能預測主要基于 circRNA 調控母基因的原則;
(2)通過 ceRNA 機制分析找到潛在的 circRNA-miRNA-mRNA 調控網絡,以 mRNA 的功能推測 circRNA 的潛在生物學功能,該功能預測基于 ceRNA 機制。