來自牛津大學 Simmons 和 Koohy 教授團隊通過 單細胞測序聯合空間轉錄組技術 來研究腸道發育過程中形態的變化。研究對來自 17 例胚胎的 77 個樣本進行了 單細胞 RNA 測序 （使用寡核苷酸標記抗體的多重混樣技術）以及對來自 5 個樣本的 8 張切片進行了 空間轉錄組測序 。通過一系列的生物信息學分析方法，包括細胞間通訊網絡構建，SCENIC 轉錄因子模塊分析，擬時序分析，RNA  速率分析，基因功能富集分析等，共鑒定了 101 種細胞類型，包括上皮細胞和間充質祖細胞群和與關鍵形態發生的重要程序。作者描述了隱窩 - 絨毛軸形成的原理，發育中的腸道的神經、血管、間充質形態發生和免疫群體。確定了發育中的成纖維細胞和肌成纖維細胞亞型的分化層次，并描述了它們的不同功能，包括作為血管生態位細胞的功能。作者確定了 Peyer’s patches 和 gut-associated lymphoid tissue (GALT) 的起源，并描述了位置特異性免疫程序。提出了一個無偏倚的分析形態梯度，可以用來指引連續的細胞分化、定義細胞、以及罕見的發育性腸道疾病相關的位置區域。此外，作者還編制了一個公開的胎兒腸道在時間和空間層面發育（STAR-FINDer)  的在線數據庫，以促進進一步的工作。

圖   研究路線圖

空間轉錄組學技術 的優勢：知道轉錄本的位置，不能獲得詳細的細胞類群信息。

單細胞 RNA 測序技術 的優勢：可以將每個轉錄本與單個細胞聯系起來，但是關于這些轉錄本在組織中的位置的信息丟失了。

單細胞測序 + 空間轉錄組測序 ：優勢互補，同時獲得細胞類型群體，以及基因表達和細胞的空間位置信息。

參考文獻：

Fawkner-Corbett D, Antanaviciute A, Parikh K, et al. Spatiotemporal analysis of human intestinal development at single-cell resolution[J]. Cell.

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