2020 年轉眼已經過去,這一年里 RNA m6A 修飾成為了當之無愧的科研熱點,也是 2020 國自然申請的一匹黑馬,小編預計新的一年 RNA 甲基化研究依然會是科研的熱點,但是方向上會可能會向非編碼 RNA m6A 修飾研究偏倚,同時一些除 m6A 修飾之外的非常見 RNA 修飾,相信隨著檢測技術的不斷進步,很有可能成為下一個研究熱點。
今天小編將從以下 4 個方向,盤點 2020 年 RNA 修飾研究的情況:
1、m6A 修飾的概述和檢測方法
2、非編碼 RNA 的 m6A 修飾
3、m6A 修飾在癌癥中的作用機制
4、除 m6A 修飾之外的其他 RNA 修飾
在這 4 個方向上小編分別都找了具有代表性且影響因子不低于 10 分的綜述,接下來我們就一起看看吧!
方向 01:“m6A”修飾的概述和檢測方法
doi: 10.1016/j.biotechadv.2020.107656.
目前已經鑒定出超過 160 種 RNA 修飾,包括 n7 - 甲基鳥嘌呤(m7G)、n6 - 甲基腺苷(m6A) 和 5 - 甲基胞嘧啶(m5C)。這些修飾在調節(jié) RNA 的命運中起著關鍵作用。在真核生物中 mRNA 上的 m6A 修飾早在 1970 年被確定,目前已知 m6A 是真核生物中豐富的 mRNA 修飾,占所有 RNA 甲基化修飾的 80% 以上。利用免疫沉淀、化學標記、定點誘變以及新一代測序技術,在理解 m6A 修飾機制方面取得了重大進展。單分子實時和納米孔直接 RNA 測序(DRS) 方法都提供了在細胞水平上研究 RNA 修飾的額外方法。在這篇綜述中作者為大家簡要介紹了識別 m6A RNA 修飾的技術歷史,以及檢測 m6A 修飾的技術進展。后作者展望了以 m6A 修飾為代表的 RNA 表觀遺傳修飾在該領域的應用前景。
方向 02:非編碼 RNA 的“m6A”修飾
doi: 10.1186/s12943-020-01233-2.
非編碼 RNA 包括了 miRNAs、lncRNAs 和 circRNAs,已知參與調節(jié)細胞分化、血管生成、免疫反應、炎癥反應和癌變。作者對癌癥中 m6A 修飾和非編碼 RNA 之間的相互作用進行了深入研究。
本篇綜述中作者從以下兩個方面展開:
(1)作者在下表中列出了在癌癥中 METTL3、ALKBH5 和 IGF2BP1 等 m6A 調控因子對參與癌變的非編碼 RNA m6A 修飾的影響。
Fig2 和 3 分別匯總展示了在各癌癥中 m6A 相關酶對 miRNA 和 lncRNA 的 m6A 修飾調控
(2)作者在下表中列出了非編碼 RNA 可以靶向或調節(jié) m6A 調控因子來影響癌癥的發(fā)展。
方向 03:“m6A”修飾在癌癥中的作用機制
doi: 10.1186/s12943-020-01216-3.
自 DNA 和組蛋白修飾的突破性發(fā)現以來,RNA 修飾的研究受到科學界越來越多的關注。m6A 是真核生物 mRNA 的主要內部表觀遺傳修飾,其發(fā)現預示著 "表觀轉錄組學" 領域的誕生。這種轉錄后 RNA 修飾是動態(tài)和可逆的,并受到甲基化酶、去甲基化酶和優(yōu)先識別 m6A 修飾的蛋白質的調控。m6A 水平的改變會影響 RNA 的處理、降解和翻譯,從而破壞基因表達和關鍵的細胞過程,導致腫瘤的發(fā)生和發(fā)展。此外,m6A 相關酶的抑制劑和調節(jié)劑已被探索作為治療癌癥的治療方法。這篇綜述中作者就 m6A 修飾的機制、m6A 改變引起的相關臨床病理改變、改變的類型和頻率及其在不同類型癌癥中的多重調節(jié)功能進行了討論。
作者在文中通過表格的形式列舉匯總了 m6A 相關酶與各種疾病、以及疾病病理特征的相關性,感興趣的各位可以下載原文仔細閱讀。
m6A 修飾在基因表達中起主導作用,是多種調控途徑的靶點。這些機制的破壞可能導致疾病,有時會帶來災難性的后果。圖 3 概述了 m6A 修飾調控的通路及其在人類癌癥中的作用。
方向 04:除“m6A”修飾之外的其它 RNA 修飾
doi: 10.1038/s41576-020-00295-8.
在轉錄之后,RNA 可以發(fā)生 170 多種不同類型的化學修飾。近年來,人們已經做出了大量的努力來發(fā)現和描述 mRNA 上的 m6A 修飾,這些修飾有可能調節(jié) mRNA 的命運。這里,作者回顧了其中的六種修飾:偽尿嘧啶(ψ),5- 甲基胞苷(m5C),N1 - 甲基腺苷(m1A),N4 - 乙酰胞苷(ac4C),核糖甲基化(Nm) 和 N7- 甲基鳥苷(m7G) 的檢測、分布、數量、生物發(fā)生和可能的作用機制。作者還進一步強調了這些修飾與 m6A 的共同之處和重要的差異之處,并在此基礎上推測了它們的起源以及它們在進化時間尺度上獲得功能的能力。
下表是作者匯總了檢測這些 RNA 修飾的方法和現有的技術挑戰(zhàn),以及與它們的分布、豐度和生物發(fā)生有關的知識。
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2. 高效檢測服務:m6A-seq 和 LC-MS 檢測服務;
3. 經典檢測技術:覆蓋 mRNA、lncRNA、circRNA 的 m6A 修飾;
4. 經典 motif“GGAC”排名前三。
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