文獻(xiàn)一： 靶向外顯子測序鑒定腫瘤基因組 SMARCA4 突變特征研究
2020.11 發(fā)表的 131688 例的腫瘤基因組圖譜，該項研究通過靶向外顯子組測序成功鑒定了 SMARCA4 突變的功能特征。SMARCA4 基因編碼的蛋白質(zhì)是 SWI/SNF 染色質(zhì)重構(gòu)復(fù)合物的催化單元，具有染色質(zhì)結(jié)合和轉(zhuǎn)錄共激活因子活性的功能。該基因的重要旁系同源物是 SMARCA2。SMARCA4 的基因突變也與 Coffin-Siris Syndrome4 和 Rhabdoid Tumor Predisposition Syndrome 2 有關(guān)。在非小細(xì)胞肺癌（NSCLC）患者中 SMARCA4 純合突變非常普遍，也會導(dǎo)致生存率的降低。本項研究通過超大樣本量確定了 SMARCA4 解旋酶結(jié)構(gòu)域內(nèi)以前未被鑒定的熱點錯義突變，這些突變的功能表征證明明顯降低了重塑活性。SMARCA4 純合錯義突變的患可能受益于 SMARCA2 靶向治療。
文獻(xiàn)二： 外顯子測序鑒定 TARP 綜合征患兒的 RBM10 突變
外顯子組測序在臨床診斷中能夠幫助鑒定致病基因，是診斷患有可疑遺傳疾病的個體的有效工具。一篇關(guān)于 TARP 綜合征的患兒 RBM10 突變的 Case report 報告了一名男嬰出生時有多個異常，包括雙側(cè)發(fā)育不良的腎臟，腭裂，雙側(cè)畸形足，雙側(cè)拇指和首一腳趾缺失。然而染色體分析和微陣列在內(nèi)的產(chǎn)前檢查并未發(fā)現(xiàn)多種先天性異常的原因。為尋找分子診斷進(jìn)行產(chǎn)后外顯子組測序。患兒及父母親的外顯子組測序發(fā)現(xiàn)了未報告過的母體遺傳 RNA 結(jié)合基序蛋白 10（RBM10）c.1352_1353delAG（p.E451Vfs * 66）改變。RBM10 中的突變與 TARP 綜合征有關(guān)，TARP 綜合征是一種 X 連鎖隱性疾病，具有房間隔缺損、Robin 序列、持續(xù)的左上腔靜脈等表型特征。
外顯子組測序為預(yù)后不良的 TARP 綜合征新生兒建立了分子遺傳學(xué)診斷，解決了應(yīng)用傳統(tǒng)的檢測方法無法提供候選突變信息的問題，并且可以為患兒父母提供有效的生育指導(dǎo)。其他報道的 TARP 綜合征病例在臨床表型上顯示出明顯的變異性。先前的患者尚未報道該嬰兒的報道特征拇指發(fā)育不全和首一腳趾發(fā)育不全等，進(jìn)一步擴(kuò)充了這種罕見疾病的臨床表型。
以上兩篇文獻(xiàn)是分別是外顯子測序 / 靶向外顯子測序在腫瘤隊列研究與臨床病例上的應(yīng)用，全外顯子組測序可一次性精準(zhǔn)檢測整個基因組中兩萬多個基因的致病突變，比全基因組測序性價比高。靶向外顯子測序可以根據(jù)不同檢測需求定制目標(biāo)基因的外顯子，針對性更強(qiáng)，測序成本降低，因此性價比上更勝一籌。
上海伯豪生物技術(shù)有限公司 DNA 產(chǎn)品線整合了測序和芯片平臺，為客戶提供從基因組測序、全外顯子組測序、目標(biāo)區(qū)域靶向測序、SNP 芯片和 CNV 芯片等高通量篩選，個性化的生物信息分析，到 MassARRAY 檢測、多重 PCR 測序、Sanger 測序、qPCR 等中低通量驗證的整體一站式服務(wù)。經(jīng)過十余年的發(fā)展，累計完成 1600 個科研服務(wù)項目，涉及組織、細(xì)胞、全血、血清、血漿、FFPE 等各類實驗樣本 3 萬余例，涵蓋腫瘤、遺傳病、復(fù)雜疾病、遺傳育種等各個領(lǐng)域，協(xié)助客戶在 Nature、Nat Genet、Nat Med、J Clin Oncol、Leukemia、PNAS、Cell Res 等高水平期刊發(fā)表論文百余篇。
參考文獻(xiàn)：
1、Fernando TM, Piskol R, Bainer R, et al. Functional characterization of SMARCA4 variants identified by targeted exome-sequencing of 131,668 cancer patients. Nat Commun. 2020;11(1):5551. Published 2020 Nov 3. doi:10.1038/s41467-020-19402-8
2、Powis Z, Hart A, Cherny S, et al. Clinical diagnostic exome evaluation for an infant with a lethal disorder: genetic diagnosis of TARP syndrome and expansion of the phenotype in a patient with a newly reported RBM10 alteration. BMC Med Genet. 2017;18(1):60. Published 2017 Jun 2. doi:10.1186/s12881-017-0426-3.
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