Bulk RNA-seq  和 single cell RNA-seq 的主要區(qū)別在于單細胞測序代表單個細胞（single cell），而 bulk 測序代表一群細胞（a population of cells）。我們都知道單細胞轉(zhuǎn)錄組測序能夠解決常規(guī)轉(zhuǎn)錄組測序無法解決的細胞異質(zhì)性問題，對于推進醫(yī)學和生物學研究進展具有極大的促進作用。現(xiàn)在很多的研究同時進行 Bulk RNA-seq  和 single cell RNA-seq，為了明確單細胞測序分析結(jié)果的準確性，可以利用相同樣本的  Bulk RNA-Seq  數(shù)據(jù)進行評估，兩種測序結(jié)果相互印證。

Part .01

2019 年 10 月，美國紀念斯隆 - 凱特琳癌癥中心等科研機構(gòu)的科研人員在 Cell 上發(fā)表了題為“Transcriptional Basis of Mouse and Human Dendritic Cell Heterogeneity”的文章，發(fā)現(xiàn)小鼠和人類樹突細胞異質(zhì)性的轉(zhuǎn)錄基礎(chǔ)。

文章通過單細胞測序分析，基于轉(zhuǎn)錄組分析（文章同時做了 bulk RNA Seq 和 single cell RNA Seq）和染色質(zhì)分析（ATAC-Seq）發(fā)現(xiàn)了新的樹突狀細胞（Dendritic Cell, DC）亞型，將以往的樹突狀細胞 cDC2 分為兩個亞型，這兩類 DC 細胞主要差異表達 T -bet（一個 T 細胞相關(guān)轉(zhuǎn)錄因子）和 RORγt（粘膜表面的一種多功能核受體，也是一種轉(zhuǎn)錄因子），而且研究表明這一發(fā)現(xiàn)在人和小鼠中是保守的。這篇文章同時進行了 bulk RNA Seq 和 scRNA Seq，并且對兩種測序產(chǎn)生的結(jié)果進行比較討論兩種測序方式結(jié)果的一致性。這篇文章不僅發(fā)現(xiàn)了新型的 DC 亞群，基于流式細胞術(shù)將細胞分選后分別進行的 RNA-Seq 測序，充分利用流式細胞術(shù)分析細胞表面和細胞內(nèi)分子表達特征的優(yōu)勢，界定不同種類的細胞群，測定分離出的亞類純度，分析細胞的大小和總量，同時分析單個細胞的多個參數(shù)。

T-bet– cDC2s, T-bet+ cDC2,  和 cDC1 細胞群體轉(zhuǎn)錄組測序與 DC 細胞單細胞測序的亞群（cluster）相似性比較，不同的顏色表示不同細胞代表的行和單細胞測序不同細胞亞群（cluster）之間的相關(guān)系數(shù)

Part .02

19 年發(fā)表在 Nature Communications（12.12）的一篇文章 An atlas of the aging lung mapped by single cell transcriptomics and deep tissue proteomics 素。該研究使用轉(zhuǎn)錄組學（scRNA-seq 和 bulk RNA-seq）和基于蛋白質(zhì)組學的質(zhì)譜分析（mass spectrometry-based proteomics）來量化 young 和 old 小鼠肺部 30 種細胞類型的細胞活性狀態(tài)變化。作者發(fā)現(xiàn)，衰老會導致轉(zhuǎn)錄噪聲增加，并且放松對表觀遺傳的控制。作者還觀察了衰老對于細胞類型特異性的影響，發(fā)現(xiàn) 2 型肺細胞和脂肪成纖維細胞膽固醇合成的增加，以及呼吸道上皮細胞的改變，是肺部老化的幾大標志。本文通過蛋白組與單細胞轉(zhuǎn)錄組的整合分析預(yù)測了調(diào)節(jié)性蛋白的細胞來源，構(gòu)建了一個無偏倚的肺衰老圖譜。

文章思路

為了驗證單細胞 RNA 測序（scRNA-seq）數(shù)據(jù)的完整性，以及小鼠肺部 mRNA 和蛋白含量隨年齡的變化，作者又分別取了 6 個（3V3）和 8 個（4V4）young 和 old 老小鼠進行 bulk RNA 測序和蛋白質(zhì)組質(zhì)譜分析，結(jié)果顯示小鼠肺部多組學數(shù)據(jù)展現(xiàn)一致性。

實驗設(shè)計

組學數(shù)據(jù)展現(xiàn)一致性

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