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伯豪生物
基于蛋白質組學分析揭示癌癥發生機制的研究思路
發布時間:2020-07-29 瀏覽次數:8123
今年 7 月,University of California 和西湖大學合作在《Cell Reports》上發表了一篇文章——《MAP4K Interactome Reveals STRN4 as a Key STRIPAK Complex Component in Hippo Pathway Regulation》。他們通過分析 MAP4Ks 的互作蛋白組數據,找到 STRIPAK 復合物中另一可能參與 Hippo 通路調控的關鍵蛋白,并對其調控的分子機理進一步進行了驗證,鑒定出 Hippo 通路新的調控因子——STRN4。

今年 7 月,University of California 和西湖大學合作在《Cell Reports》上發表了一篇文章——《MAP4K Interactome Reveals STRN4 as a Key STRIPAK Complex Component in Hippo Pathway Regulation》。他們通過分析 MAP4Ks 的互作蛋白組數據,找到 STRIPAK 復合物中另一可能參與 Hippo 通路調控的關鍵蛋白,并對其調控的分子機理進一步進行了驗證,鑒定出 Hippo 通路新的調控因子——STRN4。

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模式圖

通過大規模的組學篩選可以快速全面的定位到自己感興趣的目標,大大縮短實驗周期。因此,實驗前期通過蛋白質組學的大數據分析篩選興趣蛋白,后期結合一些機制研究手段是目前做基礎研究。但是,在蛋白質組學數據篩選中,高假陽性率是很令人頭疼的問題。這篇文獻中使用的蛋白質篩選體系,通過增加生物學重復,并設置多組對照試驗,明顯降低了假陽性結果的產生,所得到的結果在后續驗證時匹配度較高,值得借鑒。


研究背景

Hippo 通路先在果蠅中被鑒定并闡明,是一種通過抑制細胞增殖、促進細胞凋亡來調控器官 / 機體大小的保守信號通路,在控制機體正常生長發育和抑制癌癥發生過程中具有重要意義。在哺乳動物 Hippo 通路中,MAP4K1/2/3/4/6/7(Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase)與另外兩個 STE20-like 激酶 MST1/ 2 同時作用將兩個 ACG 絲氨酸 / 蘇氨酸激酶 LATS1/ 2 磷酸化并激活。在磷酸化后,LATS1/ 2 和其接頭蛋白 MOB1A/ B 依次磷酸化下游效應因子 YAP 和 TAZ。14-3- 3 蛋白可以識別磷酸化的 YAP/TAZ,并將其運送到細胞質中,在蛋白酶體中被 β -TRCP E3 連接酶復合物降解。當 Hippo 通路被抑制時,未磷酸化的 YAP/TAZ 被釋放到細胞核中,與 TEAD1- 4 轉錄因子形成復合物,調控細胞增殖和存活相關基因的轉錄。在果蠅和人類細胞中發現,STRIPAK 復合體中的成員——SLMAP 蛋白能夠抑制 MST1/ 2 的活性,負調控 Hippo 通路。

雖然已有研究表明 MAP4K 家族參與調節 Hippo 通路,但是關于 MAP4Ks 調控的分子機理尚未被闡明。




研究路線

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研究結果

33 (2)

圖 1 人 MAP4K 蛋白互作網絡的集成圖

實驗在 TAP-MS 篩選過程中,設置了 14 個實驗組,20 個空載體對照,1806 個標簽載體對照,將符合 MUSE score>0.8 且 raw spectra counts>1 的靶標列作為高置信度互作蛋白,構建人 MAP4K 蛋白互作網絡(圖 1)。隨后通過反向 TAP-MS 和 Pull-down 等試驗進一步向我們證實了 MAP4K 蛋白互作網絡的準確度。

接著作者通過對 MAP4ks 互作蛋白質組數據的篩選,找到了 STRIPAK 復合物另一個蛋白——STRN4,作者猜測 STRN4 可能會通過影響 MAP4Ks 的活性參與對 Hippo 途徑的調節,發揮與 SLMAP 相同的作用。因此,作者首先通過 Pull-down 實驗證實 STRN4 與 Hippo 途徑中的 MAP4K4 確實存在相互作用,并進一步通過敲除 / 過表達 STRN4 的手段檢測下游磷酸化水平、下游基因的表達、YAP 的細胞定位以及腺泡大小的改變,證明 STRN4 主要通過 WD 重復結構域發揮對 Hippo 途徑的負調控作用(圖 2)。

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圖 2 STRN4 負調控 Hippo 通路

作者將 STRN4YAP 在子宮內膜癌背景下的表達進行關聯分析,提示 STRN4 可能是人類子宮內膜癌的潛在致癌因子。


結論

STRN4 是由 MAP4Ks 的 TAP-MS 篩選得到的蛋白,作者一開始猜測 STRN4 是通過與 MAP4Ks 互作,抑制 MAP4Ks 的活性來負調控 Hippo 途徑。但是,在后面的機制研究中,作者雖然證明了 STRN4 能夠負調控 Hippo 通路,但對于 STRN4 是如何抑制 MAP4Ks 活性的分子機制并未闡明。


參考文獻:Seo G, Han H, Vargas RE, Yang B, Li X, Wang W. MAP4K Interactome Reveals STRN4 as a Key STRIPAK Complex Component in Hippo Pathway Regulation. Cell Rep. 2020;32(1):107860. doi:10.1016/j.celrep.2020.107860


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