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技術帖 | 甲基化捕獲測序和 850K 芯片參數大 PK
發布時間:2020-06-18 瀏覽次數:8225
SureSelectXT甲基化靶向序列捕獲平臺(Methyl-Seq)是安捷倫公司推出的全面的甲基化發現系統。該平臺為甲基化基因組區域研究提供了具有單堿基分辨率,同時高效可靠的檢測方法。

簡介

SureSelectXT 甲基化靶向序列捕獲平臺(Methyl-Seq) 是安捷倫公司推出的全面的甲基化發現系統。該平臺為甲基化基因組區域研究提供了具有單堿基分辨率,同時高效可靠的檢測方法。現有目錄化產品包括人、小鼠和大鼠甲基化測序設計。該產品相比常見的甲基化檢測平臺具有獨到的優勢:

●通過檢測單獨的 CpG 可獨具特色地提供比甲基化芯片更多的信息

相比全基因組重亞硫酸鹽測序,可提高通量并降低成本

可發現限制性內切酶及免疫沉淀所不能檢測的甲基化區域


優勢

●84 Mb 設計覆蓋 370 萬 CpG 位點

不依賴于甲基化狀態的探針

高靈敏度,分辨率可達到單個堿基

提高通量并降低成本

與現有甲基化方法相比,可降低偏差 (bias)


捕獲測序數據與甲基化芯片的比較分析

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表 1 捕獲測序探針設計區域與 850K 芯片理論探針交集

2

表 2 甲基化捕獲測序與 850K 芯片的全方面比較


3

圖 1 測序數據量與捕獲區域檢測 CpG 位點飽和曲線


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圖 2 測序 10×覆蓋,15G 數據量下與 850K 重疊位點統計


5

圖 3 測序 10×覆蓋,15G 數據量下與 850K 重疊位點的相關性分析

通過對比,發現甲基化捕獲測序對于特定基因的覆蓋位點數上明顯優于甲基化芯片。6

圖 4 MTOR、EGRF、TP53 基因在兩種甲基化研究技術下的甲基化水平分析。

紅色為 850K 數據,藍色為捕獲測序數據。

報告大升級 640

新增結果展示

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圖 5 顯著差異的高低甲基化位點在不同功能區域的富集圖


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圖 6 沖擊圖


9

圖 7 火山圖

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