剛剛過去的 5 月，又是收獲滿滿的一個月。5 月份共有 4 篇客戶文獻影響因子大于 10，分別發(fā)在 J  Clin Invest、Hepatology、Nat Commun 和 Journal  of  Hepatology。伯豪提供的服務(wù)涉及 ceRNA 芯片，表達譜芯片，RNA  測序分析等。

文章列表

ANXA6 Contributes to Radio resistance by Promoting Autophagy via Inhibiting the PI3K/AKT/mTOR Signaling Pathway in Nasopharyngeal Carcinoma

鼻咽癌中 ANXA6 通過抑制 PI3K/AKT/mTOR 信號通路促進自噬增強輻射抗性

發(fā)表期刊

Molecular and Cellular Oncology

影響因子

IF=5.26

中科院雜志分區(qū)：1 區(qū)

通訊作者所在單位

復(fù)旦大學(xué)上海醫(yī)學(xué)院

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Affymetrix HumanU133 plus 2.0 Array 

摘要簡單描述：

放療是鼻咽癌常規(guī)有效的治療方法，但也有失敗的可能，主要原因是放療耐藥導(dǎo)致腫瘤殘留或復(fù)發(fā)。然而，鼻咽癌耐輻射的機制和預(yù)測標(biāo)記仍不清楚。在本研究中，作者采用串聯(lián)質(zhì)譜標(biāo)記（Tandem Mass Tag) 對鼻咽癌細胞進行定量蛋白組學(xué)分析，并對不同放射敏感性的鼻咽癌臨床樣本進行基因芯片分析，確定 Annexin A6 (ANXA6) 作為候選的耐輻射標(biāo)記物。結(jié)果發(fā)現(xiàn)，高表達 ANXA6 與鼻咽癌的耐輻射能力呈正相關(guān)，siRNA 抑制 ANXA6 可提高鼻咽癌的耐輻射能力。與原代細胞相比，建立的耐輻射鼻咽癌細胞的自噬發(fā)生率增加，LC3 siRNA (siLC3) 使鼻咽癌細胞對輻射敏感，從而抑制自噬。此外，ANXA6 siRNA (siANXA6) 通過激活 PI3K/AKT/mTOR 通路抑制細胞自噬，導(dǎo)致放射增敏。聯(lián)合 siANXA6 和 CAL101(一種 PI3K、p-AKT 和 mTOR 的抑制劑，同時）顯著逆轉(zhuǎn)上述 sianax6 減少的自噬。CAL101 對 PI3K/AKT/mTOR 的抑制也在負反饋過程中增加了 ANXA6 的表達。綜上所述，本研究發(fā)現(xiàn) ANXA6 通過抑制 PI3K/AKT/mTOR 通路促進自噬，從而有助于鼻咽癌的耐輻射。這一發(fā)現(xiàn)的意義在于，ANXA6 可作為鼻咽癌放療后預(yù)后的一種新的預(yù)測生物標(biāo)志物。

Overexpression of mechanical sensitive miR-337-3p alleviates ectopic ossification in rat tendinopathy model via targeting IRS1 and Nox4 of tendon-derived stem cells

機械敏感的 miR-337-3p 過表達通過靶向肌腱源性干細胞的 IRS1 和 Nox4 緩解大鼠肌腱病變型的異位骨化

發(fā)表期刊    

Journal of Molecular Cell Biology

影響因子    

IF=4.671

中科院雜志分區(qū)：生物  2 區(qū)

通訊作者所在單位

上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬新華醫(yī)院

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Agilent Rat microRNA chips v16.0

摘要：

肌腱病，以肌腱異位骨化為特征，在某些人群中是一種常見疾病，比如那些肌腱重復(fù)性勞損的運動員。然而，肌腱過度使用引起的肌腱病變的分子機制仍然缺乏。在這里，作者發(fā)現(xiàn)機械敏感性 miRNA，miR-337-3p，在單軸周期性機械負荷下，在腱源性干細胞（TDSCs）及陰性對照的軟骨成骨細胞分化而來的 TDSCs 種，表達較低。重要的是，miR-337-3p 在大鼠和人鈣化肌腱中的表達均下調(diào)，而在大鼠肌腱病變模型的髕腱中 miR-337-3p 的過表達則顯示出強大的治療效果。在機制上，作者發(fā)現(xiàn)促炎細胞因子白細胞介素 -1β 是 miR-337-3p 的上游，它將機械負荷與 miR-337-3p 的下調(diào)聯(lián)系起來。此外，miR-337-3p 的靶基因，NADPH 氧化酶 4 和胰島素受體底物 1，分別通過 JNK 和 ERK 信號激活 TDSCs 的軟骨成骨分化。因此，這些發(fā)現(xiàn)不僅為肌腱病異位骨化的分子機制提供了新的見解，而且也突出了 miR-337-3p 作為臨床治療肌腱病的一個可能靶點的意義。

Transcriptome Analysis of Carbohydrate Metabolism Genes and Molecular Regulation of Sucrose Transport Gene LoSUT on the Flowering Process of Developing Oriental Hybrid Lily‘Sorbonne’Bulb

糖代謝基因轉(zhuǎn)錄組分析及蔗糖轉(zhuǎn)運基因 LoSUT 對東方百合‘Sorbonne’根球開花過程的分子調(diào)控

Int J Mol Sci 發(fā)表期刊

影響因子

IF=4.18  

中科院雜志分區(qū)：1 區(qū)

通訊作者所在單位

北京林業(yè)大學(xué)園林學(xué)院

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RNA Sequencing

摘要：

切花百合的品質(zhì)由球莖的品質(zhì)決定，在春化和花芽分化過程中，球莖中大量積累了糖，影響了球莖的發(fā)育，但是糖基因?qū)@些過程的調(diào)控機制的細節(jié)還沒有完全了解。此研究利用形態(tài)學(xué)生理學(xué)，轉(zhuǎn)錄和基因工程技術(shù)來探索這種生理變化。重新分析了 Hiseq Illumina 2000 測序產(chǎn)生的東方雜交百合 'Sorbonne' 求根的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)后，注釋了 25 種糖代謝相關(guān)基因的 72 個基因。結(jié)果表明，這些基因與百合球春化和發(fā)育密切相關(guān)，將基因表達模式與基因共表達網(wǎng)絡(luò)相結(jié)合，5 個基因（Contig5669、Contig13319、Contig7715、Contig1420 和 Contig87292) 被認為是有潛力的信號，蔗糖轉(zhuǎn)運基因（SUT) 是此研究的重點。通過生理和分子試驗推斷碳水化合物的轉(zhuǎn)運途徑和基因的調(diào)控機制。SUT 似乎是可以感知和調(diào)節(jié)糖濃度的糖傳感器，它可能對其他基因如 FT，LFY 等具有影響。LoSUT2 和 LoSUT4 基因是通過 RACE 從東方雜交百合 'Sorbonne' 克隆的，這是這些基因在東方雜交百合 'Sorbonne' 中克隆。分析了這些蛋白質(zhì)的疏水性和磷酸化等生理特性，此外，還預(yù)測了蛋白質(zhì)的二級和三級結(jié)構(gòu)，表明這兩種蛋白質(zhì)是膜蛋白。通過定位熒光載體實驗驗證了它們的細胞位置；它們在韌皮部周圍的細胞中高度表達，這說明了這些基因在糖轉(zhuǎn)運中的關(guān)鍵作用。此外，瞬時表達試驗表明，擬南芥中過表達的 LoSUT2 和 LoSUT4 明顯早于野生型，F(xiàn)T、SOC1 和 LFY 的表達也受 LoSUT2 和 LoSUT4 的影響，表明 LoSUT2 和 LoSUT4 可能調(diào)節(jié)植物的開花時間。

The Long Noncoding RNA Arrl1 Inhibits Neurite Outgrowth by Functioning as a Competing Endogenous RNA During Neuronal Regeneration in Rats

長非編碼 RNA Arrl1 在大鼠神經(jīng)元再生過程中作為競爭性內(nèi)源性 RNA 抑制軸突生長

發(fā)表期刊

J. Biol. Chem.

影響因子

IF=4.11  

通訊作者所在單位

南通大學(xué)神經(jīng)再生重點實驗室

南通大學(xué)附屬醫(yī)院

上海科技大學(xué)生命科學(xué)技術(shù)學(xué)院

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RNA-seq

摘要

神經(jīng)元的固有再生能力是修復(fù)周圍神經(jīng)損傷的關(guān)鍵因素。因此，確定神經(jīng)再生的關(guān)鍵調(diào)節(jié)劑可能有助于改善軸突再生和損傷后的功能恢復(fù)。與經(jīng)典轉(zhuǎn)錄因子和再生相關(guān)基因（RAG）不同，lncRNA 在調(diào)節(jié)神經(jīng)元再生中的功能仍然未知。在這項研究中，研究者使用基于 RNA-Seq 的轉(zhuǎn)錄組圖譜分析了坐骨神經(jīng)損傷后大鼠背根神經(jīng)節(jié)（DRG）中 lncRNA 和 mRNA 的表達模式。使用 lncRNA–mRNA 共表達網(wǎng)絡(luò)，GO 富集和 KEGG 途徑數(shù)據(jù)庫進行的分析表明，lncRNA Arrl1 減少了神經(jīng)元損傷后神經(jīng)突的長出。shRNA 介導(dǎo)的 Arrl1 沉默在體外和體內(nèi)均可增加軸突再生，并改善坐骨神經(jīng)的功能恢復(fù)。此外，抑制 Arrl1 的靶基因，細胞周期蛋白依賴性激酶抑制劑 2B（Cdkn2b），可顯著促進 DRG 神經(jīng)元的神經(jīng)突生長。另外研究表明，Arrl1 作為一種競爭性的內(nèi)源性 RNA (ceRNA)，能夠分泌 Cdkn2b 抑制因子 microRNA-761 (miR-761)，從而在神經(jīng)元再生過程中上調(diào) Cdkn2b 的表達。lncRNA Arrl1 通過抑制 Cdkn2b 表達來影響 DRG 神經(jīng)元的固有再生。該研究表明，lncRNA–microRNA–激酶途徑在大鼠周圍神經(jīng)損傷后的軸突再生和功能恢復(fù)中起著調(diào)節(jié)作用。

Circular RNA-ZNF532 regulates diabetes-induced retinal pericyte degeneration and vascular dysfunction

circRNA-ZNF532 調(diào)節(jié)糖尿病引起的視網(wǎng)膜周細胞變性和血管功能障礙

發(fā)表期刊

J Clin Invest

影響因子

IF=11.57

中科院雜志分區(qū)：醫(yī)學(xué) 1 區(qū)

通訊作者所在單位

南京醫(yī)科大學(xué)附屬眼科醫(yī)院

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Human circRNA 芯片

摘要：

尿病視網(wǎng)膜病變（DR) 是處于工作年齡的成年人失明的主要原因。其中，血管周細胞變性是主要的臨床表現(xiàn)。然而，控制周細胞變性的機制卻不明確。環(huán)狀 RNA (Circular RNAs, circRNAs) 已被發(fā)現(xiàn)在多種生物過程和疾病進展中起重要作用。本研究中，作者研究了 circRNA 在周細胞生物學(xué)和糖尿病視網(wǎng)膜血管中的作用。研究發(fā)現(xiàn)，糖尿病患者外周血細胞中 cZNF532 表達上調(diào)；在糖尿病小鼠模型的視網(wǎng)膜血管中和糖尿病患者的玻璃體中，cZNF532 表達也同樣上調(diào)。進一步分析其功能發(fā)現(xiàn)，cZNF532 沉默會導(dǎo)致周細胞的存活率，增殖和和分化能力降低。在體外實驗中，cZNF532 還可以抑制周細胞向內(nèi)皮細胞的募集。cZNF532 可以作為 miR-29a-3p 海綿并誘導(dǎo) NG2，LOXL2, CDK2 的表達來調(diào)控周細胞生物學(xué)功能。下調(diào) cZNF532 或過表達 miR-29a-3p 加重鏈脲霉素誘導(dǎo)的視網(wǎng)膜周細胞變性和血管功能障礙。相反，過表達 cZNF532 或抑制 miR-29a-3p 可改善糖尿病玻璃體誘導(dǎo)的視網(wǎng)膜周細胞變性和血管功能障礙。總的來說，該研究證實了  circRNA 在 DR 中介導(dǎo)的周細胞生物學(xué)的機。誘導(dǎo) cZNF532 或拮抗 miR-29a-3p 可能成為將來治療 DR 的新方法。

Functional Comparison of IFN-α Subtypes Reveals Potent HBV Suppression by a Concerted Action of IFN-α and -γ Signaling

IFN- α 亞型的功能比較揭示了 IFN- α 和 - γ 信號協(xié)同作用對 HBV 的抑制作用

發(fā)表期刊

Hepatology

影響因子

IF=14.97 

中科院雜志分區(qū)：1 區(qū)

通訊作者所在單位

復(fù)旦大學(xué)上海醫(yī)學(xué)院

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Gene Expression Array

摘要：

干擾素 -α（IFN-α）由多種亞型組成，在免疫防御中起著重要作用。IFN-α2 作為研究較多的亞型，治療慢性乙型肝炎病毒（HBV）感染具有療程短、持續(xù)的病毒學(xué)反應(yīng)等優(yōu)點，但其療效仍較低。本研究旨在篩選抗 HBV 能力較強的 IFN- α 亞型，并探討 IFN- α 介導(dǎo)的 HBV 抑制的新機制。采用細胞培養(yǎng) HBV 感染系統(tǒng)和人肝嵌合小鼠模型，對 IFN- α 亞型介導(dǎo)的抗病毒反應(yīng)和信號激活進行了綜合分析。IFN-α14 是抑制 HBV-cccDNA 轉(zhuǎn)錄和 HBeAg/HBsAg 產(chǎn)生的較有效亞型，其 IC50 值比常規(guī) IFN-α2 低約 100 倍。單用 IFN-α14 誘導(dǎo) IFN- α 和 - γ 信號串?dāng)_，類似于聯(lián)合應(yīng)用 IFN-α2 和 IFN-γ，誘導(dǎo)多個有效的抗病毒效應(yīng)物，協(xié)同抑制 HBV 復(fù)制。GBP5 是 IFN-α14- 和 -α2 處理的肝細胞中差異表達較顯著的基因之一，被認為是一種新的 HBV 限制因子。IFN-α-IFNAR1 受體亞單位間的強相互作用決定了 IFN- α 的抗 HBV 活性。進一步證實 IFN-α14 的體內(nèi)抗 HBV 活性和治療相關(guān)的轉(zhuǎn)錄模式，未見不良反應(yīng)。結(jié)論：IFN- α 亞型 14 能有效地誘導(dǎo)肝內(nèi) IFN- α 和 - γ 協(xié)同反應(yīng)，與有效的 HBV 抑制有關(guān)。這些數(shù)據(jù)加深了我們對 IFN- α 亞型不同活性的理解，以及 IFN- α 和 - γ 信號協(xié)同作用的機制，對改進 IFN 治療和 HBV 治療策略具有指導(dǎo)意義。

Raptor determines β-cell identity and plasticity independent of hyperglycemia in mice.

Raptor 影響了與高血糖無關(guān)的小鼠中 β -cell 的特異性和可塑性

發(fā)表期刊

Nat Commun

影響因子

IF=11.878  

中科院雜志分區(qū)：1 區(qū)

通訊作者所在單位

上海交通大學(xué)附屬瑞金醫(yī)院

伯豪公司提供的產(chǎn)品或服務(wù)

RNA Sequencing

摘要簡單描述

作者之前報道過 mTORC1/Raptor 可以調(diào)控 β 細胞的成熟分化。在這篇文章中，作者發(fā)現(xiàn) β 細胞特異性 Raptor 缺失的糖尿病小鼠（βRapKOGFP）顯示出 β 細胞數(shù)量的減少，β 細胞特性的減少的同時，表現(xiàn)出 α 細胞特征的增加，這種變化通常在葡萄糖歸一化后是不可逆的。Raptor 的缺失直接損傷了 β 細胞的特性，比如說線粒體代謝耦合和蛋白質(zhì)合成活性，從而導(dǎo)致 β 細胞的減少。進一步的研究發(fā)現(xiàn)，Raptor 的缺失激活了 α 細胞特異性轉(zhuǎn)錄因子 Mafb 和一些 α 細胞特異性富集的基因，比如說 Etv1、Tspan12，進而激活了 β 細胞向 α 細胞重編程。本研究強調(diào)了 mTORC1 作為一個代謝調(diào)節(jié)器，可以在正常的葡萄糖水平下穩(wěn)定 β 細胞的特性同時抑制 α 細胞的重編程，上述發(fā)現(xiàn)未來可能成為糖尿病治療的潛在靶點。

Peptide SMIM30 promotes HCC development by inducing SRC/YES1 membrane anchoring and MAPK pathway activation

多肽 SMIM30 誘導(dǎo)促進肝癌發(fā)展的 SRC / YES1 膜錨固和 MAPK 途徑激活

發(fā)表期刊

Journal  of  Hepatology

影響因子

IF=18.9 

中科院雜志分區(qū)：1 區(qū)

通訊作者所在單位

上海第二軍醫(yī)大學(xué)

伯豪公司提供的產(chǎn)品或服務(wù)

RIP Sequencing

摘要簡單描述

背景和目的：具有小開放閱讀框（smORFs) 的（ncRNAs) 非編碼 rna 的很大比例確實被翻譯成短肽。目前尚不清楚短肽在何處以及如何促進肝細胞癌（HCC) 的發(fā)展。

方法：作者在 4 個癌細胞系上使用核糖體蛋白 S6 (RPS6) 抗體進行 rna 免疫沉淀和高通量測序（RIP-seq) 分析。作者以一個 lncRNA LINC00998 為研究對象，利用 qPCR 和公共數(shù)據(jù)庫評價其在 HCC 患者中的表達水平。通過構(gòu)造特殊的載體來確定其編碼潛力，并對 linc00998 編碼的肽在腫瘤的生長和轉(zhuǎn)移作用機理進行了探討。

結(jié)果：作者在癌細胞中發(fā)現(xiàn)了大量與 RPS6 結(jié)合的 lncRNAs。這些 lncRNAs 中的 LINC00998 編碼了一種稱為 SMIM30 的內(nèi)源性小肽。SMIM30 通過調(diào)控細胞的增殖和遷移來促進肝癌的發(fā)生，而不是 RNA 本身，其水平與肝癌患者較低的生存率相關(guān)。此外，SMIM30 通過 c -Myc 轉(zhuǎn)錄，驅(qū)動非受體酪氨酸激酶 - src /YES1 的膜錨定。此外，SRC/YES1 還激活了下游的 MAPK 信號通路。

結(jié)論：作者的研究結(jié)果不僅揭示了由 ncrna 編碼的肽促進的肝癌腫瘤發(fā)生的新機制，而且提示該肽可作為肝癌治療的新靶點和肝癌診斷和預(yù)后的新的生物標(biāo)志物。

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