DNA 甲基化（DNA methylation) 是目前研究得清楚、也是重要的表觀遺傳修飾形式，主要是基因組 DNA 上的胞嘧啶第 5 位碳原子和甲基間的共價結合，胞嘧啶由此被修飾為 5 甲基胞嘧啶（5-methylcytosine，5mC)。別看這只是一個小小的改變，它所起到的作用卻是巨大的！有些科學家甚至將 DNA 甲基化叫做“第五種堿基”！

DNA 甲基化研究技術目前接受度高的檢測方法都是基于亞硫酸氫鹽轉化，經歷了科學的檢驗，目前接受度高的檢測方法基本都是基于亞硫酸氫鹽轉化，可達到單堿基的分辨率。伯豪自 2008 年開始提供 DNA 甲基化檢測技術，目前已搭建芯片和高通量測序平臺、包括中低通量驗證的 DNA 甲基化檢測平臺。

但這么多方法，我們到底應該怎樣根據自己的實驗設計選擇合適的 DNA 甲基化研究技術呢。下面小編就帶大家一起來深入扒一扒；

有 3 個要點：

1. 首先明確研究對象，也就是研究物種；

2. 樣本 DNA 得率有多少？；

3. 結合研究目的（這一點就較為個性化）。

結合下面思維導圖，問出這 3 個問題，我們就能很快選出合適自己研究的技術啦~

其實做之前我們只需要問自己上面 3 個問題，就基本可以確定該選擇哪個技術啦。上述的 4 項高通量篩選技術，都有各自的技術限制，比如 850K 芯片只能做人，甲基化捕獲測序則彌補了 850K 芯片只能做人的缺陷，可以做大小鼠，所以一般做藥物研究，需要用大小鼠做模型的客戶，我們都推薦是使用甲基化捕獲測來研究。其次 cfDNA、單細胞樣本中提取的 DNA 量通常都很低，普通的 DNA 甲基化研究技術都無法完成，因為經亞硫氫鹽轉化后，會造成 DNA 的損耗。伯豪新推出的單細胞全基因組甲基化測序技術，適用于超微量 DNA 甲基化研究。下表是各研究技術的具體參數。

相信到這里，各位老師，應該清楚該怎么選擇合適的 DNA 甲基化研究技術了。其實目前單一組學上的研究，已經不香了，想要研究更上一層樓，通常需要再加上轉錄組學，做聯合分析，甚至做多組學的研究。伯豪目前也推出了聯合分析的促銷方案，助力各位老師的科學研究。

伯豪現已協助多位老師，完成了 DNA 甲基化與轉錄組數據的聯合分析，部分文章已見刊。下面是非常典型的一篇文章。

發表期刊  

Aging (Albany NY)

影響因子  

IF=5.515 

雜志中科院分區

中科院雜志分區   2 區

通訊作者所在單位

北京天壇醫院神經外科

伯豪公司提供的產品或服務

Illumina Infinium MethylationEPIC 850K BeadChip

SBC human ceRNA array V1.0 (4×180 K)

腫瘤再生是臨床無功能垂體腺瘤（NFPA) 的一個重要特征。目前尚無適用于術后患者的預后評估方法。作者旨在發現 DNA 甲基化生物標志物用于預后評估。對 71 例 NFPA 患者的腫瘤樣本進行了 DNA 甲基化芯片和基因表達譜分析。對比再生組和非再生組確定差異表達基因和差異甲基化基因。發現 13 個基因的 DNA 甲基化與基因表達負相關。通過無進展生存分析發現，FAM90A1、ETS2、STAT6、MYT1L、ING2 和 KCNK1 與腫瘤再生有關。基于 13 個基因建立預后預測模型，6 個基因模型的 AUC 值高 0.820。通過焦磷酸測序和 RT-PCR 對預后生物標志物進行驗證。單變量 Cox 回歸發現 FAM90A1 和 ING2 是腫瘤再生長的獨立預后因素。FAM90A1 和 ING2 的 DNA 甲基化和表達水平與腫瘤的再生有關，可以作為預測 NFPA 患者預后的生物標志物。

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