DNA 甲基化（DNA methylation) 是目前研究得清楚、也是重要的表觀遺傳修飾形式，主要是基因組 DNA 上的胞嘧啶第 5 位碳原子和甲基間的共價(jià)結(jié)合，胞嘧啶由此被修飾為 5 甲基胞嘧啶（5-methylcytosine，5mC)。別看這只是一個(gè)小小的改變，它所起到的作用卻是巨大的！有些科學(xué)家甚至將 DNA 甲基化叫做“第五種堿基”！
DNA 甲基化研究技術(shù)目前接受度高的檢測(cè)方法都是基于亞硫酸氫鹽轉(zhuǎn)化，經(jīng)歷了科學(xué)的檢驗(yàn)，目前接受度高的檢測(cè)方法基本都是基于亞硫酸氫鹽轉(zhuǎn)化，可達(dá)到單堿基的分辨率。伯豪自 2008 年開(kāi)始提供 DNA 甲基化檢測(cè)技術(shù)，目前已搭建芯片和高通量測(cè)序平臺(tái)、包括中低通量驗(yàn)證的 DNA 甲基化檢測(cè)平臺(tái)。
但這么多方法，我們到底應(yīng)該怎樣根據(jù)自己的實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)選擇合適的 DNA 甲基化研究技術(shù)呢。下面小編就帶大家一起來(lái)深入扒一扒；
有 3 個(gè)要點(diǎn)：
1. 首先明確研究對(duì)象，也就是研究物種；
2. 樣本 DNA 得率有多少？；
3. 結(jié)合研究目的（這一點(diǎn)就較為個(gè)性化）。
結(jié)合下面思維導(dǎo)圖，問(wèn)出這 3 個(gè)問(wèn)題，我們就能很快選出合適自己研究的技術(shù)啦~
其實(shí)做之前我們只需要問(wèn)自己上面 3 個(gè)問(wèn)題，就基本可以確定該選擇哪個(gè)技術(shù)啦。上述的 4 項(xiàng)高通量篩選技術(shù)，都有各自的技術(shù)限制，比如 850K 芯片只能做人，甲基化捕獲測(cè)序則彌補(bǔ)了 850K 芯片只能做人的缺陷，可以做大小鼠，所以一般做藥物研究，需要用大小鼠做模型的客戶，我們都推薦是使用甲基化捕獲測(cè)來(lái)研究。其次 cfDNA、單細(xì)胞樣本中提取的 DNA 量通常都很低，普通的 DNA 甲基化研究技術(shù)都無(wú)法完成，因?yàn)榻?jīng)亞硫氫鹽轉(zhuǎn)化后，會(huì)造成 DNA 的損耗。伯豪新推出的單細(xì)胞全基因組甲基化測(cè)序技術(shù)，適用于超微量 DNA 甲基化研究。下表是各研究技術(shù)的具體參數(shù)。
相信到這里，各位老師，應(yīng)該清楚該怎么選擇合適的 DNA 甲基化研究技術(shù)了。其實(shí)目前單一組學(xué)上的研究，已經(jīng)不香了，想要研究更上一層樓，通常需要再加上轉(zhuǎn)錄組學(xué)，做聯(lián)合分析，甚至做多組學(xué)的研究。伯豪目前也推出了聯(lián)合分析的促銷方案，助力各位老師的科學(xué)研究。
結(jié)合多組學(xué)聯(lián)合方案
伯豪現(xiàn)已協(xié)助多位老師，完成了 DNA 甲基化與轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的聯(lián)合分析，部分文章已見(jiàn)刊。下面是非常典型的一篇文章。
影響因子
IF=5.515
雜志中科院分區(qū)
中科院雜志分區(qū) 2 區(qū)
通訊作者所在單位
北京天壇醫(yī)院神經(jīng)外科
伯豪公司提供的產(chǎn)品或服務(wù)
Illumina Infinium MethylationEPIC 850K BeadChip
SBC human ceRNA array V1.0 (4×180 K)
腫瘤再生是臨床無(wú)功能垂體腺瘤（NFPA) 的一個(gè)重要特征。目前尚無(wú)適用于術(shù)后患者的預(yù)后評(píng)估方法。作者旨在發(fā)現(xiàn) DNA 甲基化生物標(biāo)志物用于預(yù)后評(píng)估。對(duì) 71 例 NFPA 患者的腫瘤樣本進(jìn)行了 DNA 甲基化芯片和基因表達(dá)譜分析。對(duì)比再生組和非再生組確定差異表達(dá)基因和差異甲基化基因。發(fā)現(xiàn) 13 個(gè)基因的 DNA 甲基化與基因表達(dá)負(fù)相關(guān)。通過(guò)無(wú)進(jìn)展生存分析發(fā)現(xiàn)，F(xiàn)AM90A1、ETS2、STAT6、MYT1L、ING2 和 KCNK1 與腫瘤再生有關(guān)。基于 13 個(gè)基因建立預(yù)后預(yù)測(cè)模型，6 個(gè)基因模型的 AUC 值高 0.820。通過(guò)焦磷酸測(cè)序和 RT-PCR 對(duì)預(yù)后生物標(biāo)志物進(jìn)行驗(yàn)證。單變量 Cox 回歸發(fā)現(xiàn) FAM90A1 和 ING2 是腫瘤再生長(zhǎng)的獨(dú)立預(yù)后因素。FAM90A1 和 ING2 的 DNA 甲基化和表達(dá)水平與腫瘤的再生有關(guān)，可以作為預(yù)測(cè) NFPA 患者預(yù)后的生物標(biāo)志物。
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